Missing coverage evidence...
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AAGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAATTT  >  minE/2547971‑2548037 |                                                                   aaGGGTTGAAGCGATTCTCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCTTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1706713/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACTGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:153284/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:702285/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:217165/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:2234318/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:2249939/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:2295726/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:388075/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:53925/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:542478/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:553696/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:651048/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:206305/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:739189/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:762353/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:826314/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:857735/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:879081/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:90924/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:973232/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1782454/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1283294/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1379646/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1419809/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1458035/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1475877/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1519895/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1574868/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1777404/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:2087844/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1790428/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:182466/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:182638/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1867084/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1948808/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:2035104/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:2062865/67‑1 (MQ=255) aaGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAAttt  <  1:1185837/67‑1 (MQ=255) |                                                                   AAGGGTTGAAGCGATTCGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAAAAAAGAAATTT  >  minE/2547971‑2548037

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑