| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,963,572 | T→C | 100% | G150G (GGA→GGG) | yggD ← | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,963,572 | 0 | T | C | 88.5% | 161.7 / 10.6 | 61 | G150G (GGA→GGG) | yggD | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/0); new base C (0/54); total (7/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTGGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATTCCGCTAAAACGCGCCTCTGACCAGACGGAGAA > minE/1963513‑1963604 | cacaGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1153641/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCTTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1823547/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:362957/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1913866/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:2025720/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:101790/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:2093053/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:2179020/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:2185044/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:2307728/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:263046/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:268186/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:279187/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:360382/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:2055935/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:43375/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:514715/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:625035/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:714201/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:810787/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:827684/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:828002/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:83175/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:896060/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:921969/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:991477/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:172193/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1069816/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1071846/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1084562/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1117590/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1126407/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1139393/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1157286/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1161262/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1173069/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1255452/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1300970/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1374984/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1665013/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1662640/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1424713/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:132776/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:143544/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1628014/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:145343/66‑1 (MQ=255)cACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTATCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:85061/66‑1 (MQ=255) aCGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:247979/65‑1 (MQ=255) aCGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:417508/65‑1 (MQ=255) aCGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:435249/65‑1 (MQ=255) aCGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:644646/65‑1 (MQ=255) cGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:1275102/64‑1 (MQ=255) cGGCGTTAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:415524/64‑1 (MQ=255) ttAATTCCTTTAAGGTTGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATCCCGCTa < 1:568445/59‑1 (MQ=255) tCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATTCCGCTAAAACGCGCCTCTGACCAGACGgaga > 1:486480/1‑66 (MQ=255) tCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATTCCGCTAAAACGCGCCTCTGACCAGACGgaga > 1:1767502/1‑66 (MQ=255) tCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATTCCGCTAAAACGCGCCTCTGACCAGACGGAGaa > 1:2144305/1‑67 (MQ=255) tCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATTCCGCTAAAACGCGCCTCTGACCAGACGGAGaa > 1:1139594/1‑67 (MQ=255) tCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATTCCGCTAAAACGCGCCTCTGACCAGACGGAGaa > 1:1450056/1‑67 (MQ=255) tCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATTCCGCTAAAACGCGCCTCTGACCAGACGGAGaa > 1:554951/1‑67 (MQ=255) tCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATTCCGCTAAAACGCGCCTCTGACCAGACGGAGaa > 1:1213362/1‑67 (MQ=255) | CACGGCGTTAATTCCTTTAAGGTGGTCGTTACTGCCAGCGTCAGCGCCGTTTTGACCATTCCGCTAAAACGCGCCTCTGACCAGACGGAGAA > minE/1963513‑1963604 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |