| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,081,439 | C→T | 100% | A378A (GCC→GCT) | exuT → | hexuronate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,081,439 | 0 | C | T | 80.4% | 228.9 / 46.0 | 107 | A378A (GCC→GCT) | exuT | hexuronate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/0); new base T (86/0); total (107/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCACTGTCTGGCGCGCTGATTACGCTCTCTTCCGATGT > minE/2081382‑2081483 | cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGc > 1:2084992/1‑66 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:1724826/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:2255102/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:2269642/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:2202029/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:2058489/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:204849/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:540084/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:541769/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:558246/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:187600/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:695483/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:158140/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:825188/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:830778/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:1483669/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:1452743/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATCGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:961596/1‑67 (MQ=255)cGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCTGCTGTGTATAGGTGGTTTTGCCCACCAGGCa > 1:233850/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCCCCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:1700851/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCGGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGctctct > 1:1408962/1‑59 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTg > 1:325611/1‑35 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGgcgcac > 1:1129084/1‑43 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGGACTGATTACGCTCTCtt > 1:927928/1‑60 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGacg > 1:1099041/1‑64 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:337622/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:943874/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:500675/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:482606/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:464526/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:462089/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:435278/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:9618/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:991934/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:32988/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:307956/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:235273/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:981500/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:683570/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:851785/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:858037/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:889464/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:896228/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:758355/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:727990/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:924712/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:68677/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:930644/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:2137688/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:666923/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:649942/1‑67 (MQ=255) tgctgTGTATCGGTGGTTTTGCTCACCAGGCACTGTCTGGCGCACTGATTACGCTCTCTTCTGAcgt > 1:614043/1‑67 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |