Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	2,148,933	G→A	100%	G77G (GGC→GGT)	glmM ←	phosphoglucosamine mutase

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,148,933	0	G	A	98.0%	162.3 / ‑4.2	50	G77G (GGC→GGT)	glmM	phosphoglucosamine mutase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/1);  new base A (0/48);  total (0/50)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

CCACGGCCGGTGTTGGCATCGGGCCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCTGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGC  >  minE/2148911‑2148983                       |                                                   ccACGGCCGGTGTTGGCATCGGGCCAGTGAAGAGGGCGGAAAGGCCCGCTGCCGCCAGACCCGAtt         <  1:39459/66‑1 (MQ=255)       ccGGTGTTGTCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:156642/67‑1 (MQ=255)       ccGGTGTTGGCATCGTACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:2175867/67‑1 (MQ=255)       ccGGTGTTGGCATCGGCCCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:2067071/67‑1 (MQ=255)       ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCTCTTCCAGTGc  <  1:2255144/67‑1 (MQ=255)       ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCTCTTCCAGTGc  <  1:2257758/67‑1 (MQ=255)       ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:443772/67‑1 (MQ=255)       ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:2033398/67‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑