Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 2,148,933 G→A 100% G77G (GGC→GGT glmM ← phosphoglucosamine mutase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,148,9330GA98.0% 162.3 / ‑4.2 50G77G (GGC→GGTglmMphosphoglucosamine mutase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/1);  new base A (0/48);  total (0/50)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

CCACGGCCGGTGTTGGCATCGGGCCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCTGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGC  >  minE/2148911‑2148983
                      |                                                  
ccACGGCCGGTGTTGGCATCGGGCCAGTGAAGAGGGCGGAAAGGCCCGCTGCCGCCAGACCCGAtt         <  1:39459/66‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGTCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:156642/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGTACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:2175867/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGCCCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:2067071/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCTCTTCCAGTGc  <  1:2255144/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCTCTTCCAGTGc  <  1:2257758/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:443772/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:2033398/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:2068817/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:2074603/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:221003/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:2224481/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:978293/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:558740/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:594793/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:605525/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:637516/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:658424/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:737137/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:775455/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:838649/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:846933/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:902597/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1012006/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1920758/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1069417/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1076534/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1133684/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1159973/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1200534/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1306052/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:133369/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1379299/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1389530/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1936157/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1524970/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1564192/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1573840/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1586476/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1785953/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1816748/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1828994/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1907493/67‑1 (MQ=255)
      ccGGTCTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:30010/67‑1 (MQ=255)
       cGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:2262165/66‑1 (MQ=255)
       cGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1608425/66‑1 (MQ=255)
       cGGTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:917980/66‑1 (MQ=255)
        ggTGTTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCTGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1325877/65‑1 (MQ=255)
         gtgtTGGCATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:1014941/64‑1 (MQ=255)
                cATCGGACCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCAGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGc  <  1:467354/57‑1 (MQ=255)
                      |                                                  
CCACGGCCGGTGTTGGCATCGGGCCAGTGAAGAGTGCGGAAAGGCCCGCTGCCGCCAGACCCGCTTCCAGTGC  >  minE/2148911‑2148983

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: