Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	2,437,760	T→C	100%	A59A (GCA→GCG)	rep ←	DNA helicase and single‑stranded DNA‑dependent ATPase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,437,760	0	T	C	100.0%	122.1 / NA	36	A59A (GCA→GCG)	rep	DNA helicase and single‑stranded DNA‑dependent ATPase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/36);  total (0/36)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

TACACGCTCTTTCATCTCGCGCGCTGCTTTATTAGTAAAGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCT  >  minE/2437736‑2437800                         |                                         gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACTGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:2050191/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATTTGTCGCGCCt  <  1:1191784/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:408995/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:180744/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1828686/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1899144/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:2032798/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:2080452/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:2086603/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:2089430/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:2288343/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1803620/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:429965/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:482553/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:587925/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:629409/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:674876/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:824722/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:914280/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1495007/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1043882/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1093155/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1263937/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1265169/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1281147/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1415763/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1473129/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1021280/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1537751/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:156042/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:161955/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1663302/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1674103/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1697538/64‑1 (MQ=255) gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACC‑CCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:1393949/63‑1 (MQ=255)                  cgcgtgCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt  <  1:160046/48‑1 (MQ=255)                         |                                         TACACGCTCTTTCATCTCGCGCGCTGCTTTATTAGTAAAGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCT  >  minE/2437736‑2437800

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑