Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	269,406	G→A	100%	T55T (ACC→ACT)	ispA ←	geranyltranstransferase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	269,406	0	G	A	100.0%	170.7 / NA	51	T55T (ACC→ACT)	ispA	geranyltranstransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (51/0);  total (51/0)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

AACGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGCGTGTTTGTGCTAACGCCGAACATATGACCGGTGGCATA  >  minE/269352‑269414                                                       |         taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCAt   >  1:950449/2‑62 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCAt   >  1:175078/2‑62 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1876219/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1873707/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1901550/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1954891/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1977785/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:2031342/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:2081337/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:2083140/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:225303/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:260083/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:262315/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:296971/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:361013/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:436158/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:441257/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:50345/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:521442/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:545951/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:642180/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:66205/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:676443/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:754019/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:770376/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:79475/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1423566/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1007994/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1060666/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1084712/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1093011/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1146092/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1188760/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1191554/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:120262/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1228856/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1341997/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1370514/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:138226/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1007452/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1432084/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1595264/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1669660/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1680622/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1788584/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1799946/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1827610/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1830463/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1841011/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:1870972/2‑63 (MQ=255) taCGGCGGCAGCGGATGCGTCCAGTGTGTTTATGCTAACGCCGAACATATGACCAGTGGCATa  >  1:262989/2‑63 (MQ=255)                                                       |         AACGGCGGCAGCGGGTGCGTCCAGCGTGTTTGTGCTAACGCCGAACATATGACCGGTGGCATA  >  minE/269352‑269414

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑