| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,437,793 | C→T | 100% | R48R (CGG→CGA) | rep ← | DNA helicase and single‑stranded DNA‑dependent ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,437,793 | 0 | C | T | 84.1% | 98.9 / 10.7 | 44 | R48R (CGG→CGA) | rep | DNA helicase and single‑stranded DNA‑dependent ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/0); new base T (0/37); total (7/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TACACGCTCTTTCATCTCGCGCGCTGCTTTATTAGTAAAGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTGGT > minE/2437736‑2437840 | gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACTGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:2050191/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATTTGTCGCGCCt < 1:1191784/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:2288343/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1697538/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1021280/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:180744/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1828686/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1899144/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:2032798/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:2080452/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:2086603/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:2089430/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1803620/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:408995/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:429965/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:482553/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:587925/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:629409/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:674876/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:824722/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:914280/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1663302/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1043882/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1093155/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1263937/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1265169/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1281147/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1415763/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1473129/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1495007/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1537751/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:156042/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:161955/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1674103/64‑1 (MQ=255)gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACC‑CCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1393949/63‑1 (MQ=255) cgcgtgCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:160046/48‑1 (MQ=255) ttatttGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1120254/37‑1 (MQ=21) aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGTGCGATTTTa > 1:1326015/1‑62 (MQ=255) aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGAtt > 1:342259/1‑59 (MQ=255) aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTga > 1:1966150/1‑65 (MQ=255) aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTGGt > 1:1465026/1‑67 (MQ=255) aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTGGt > 1:223248/1‑67 (MQ=255) aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTGGt > 1:639516/1‑67 (MQ=255) aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTGGt > 1:1083599/1‑67 (MQ=255) | TACACGCTCTTTCATCTCGCGCGCTGCTTTATTAGTAAAGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTGGT > minE/2437736‑2437840 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |