Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	2,642,512	C→T	100%	G48G (GGC→GGT)	gntR →	DNA‑binding transcriptional repressor

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,642,512	0	C	T	100.0%	173.1 / NA	50	G48G (GGC→GGT)	gntR	DNA‑binding transcriptional repressor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (50/0);  total (50/0)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

CCGTCGCTCTACGCGGCAAGATTGCCGCGGCTCTTGATGAACTGGGCTATATTCCCAATCGTGCGC  >  minE/2642466‑2642531                                               |                    ccGTCGCTCTACGCGGCAAGATTGCCGCCGCTCTTGATGAACTGGGTTATATTCCCAATcgcgcg   >  1:753494/1‑65 (MQ=255) ccGTCGCTCTACGCGGCAAGATTGCCGCCGCTCTTGATGAACTGGGTTATATTCCCAATcgcgcg   >  1:1483845/1‑65 (MQ=255) ccGTCGCTCTACGCGGCAAGATTGCCGCCGCTCTTGATGAACTGGGTTATATTCCCAATCgcgcgc  >  1:382852/1‑66 (MQ=255) ccGTCGCTCTACGCGGCAAGATTGCCGCCGCTCTTGATGAACTGGGTTATATTCCCAATCgcgcgc  >  1:190089/1‑66 (MQ=255) ccGTCGCTCTACGCGGCAAGATTGCCGCCGCTCTTGATGAACTGGGTTATATTCCCAATCgcgcgc  >  1:1974843/1‑66 (MQ=255) ccGTCGCTCTACGCGGCAAGATTGCCGCCGCTCTTGATGAACTGGGTTATATTCCCAATCgcgcgc  >  1:2113466/1‑66 (MQ=255) ccGTCGCTCTACGCGGCAAGATTGCCGCCGCTCTTGATGAACTGGGTTATATTCCCAATCgcgcgc  >  1:2168033/1‑66 (MQ=255) ccGTCGCTCTACGCGGCAAGATTGCCGCCGCTCTTGATGAACTGGGTTATATTCCCAATCgcgcgc  >  1:2180230/1‑66 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑