| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,661,116 | G→A | 100% | S209S (TCG→TCA) | glpR → | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,661,116 | 0 | G | A | 76.5% | 213.6 / 65.0 | 115 | S209S (TCG→TCA) | glpR | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/1); new base A (88/0); total (114/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATG > minE/2661054‑2661168 | taaCTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:2209828/2‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCATGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:429276/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCTATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:1383719/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGaa > 1:242387/1‑39 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCg > 1:1528494/1‑48 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:1865079/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:1048492/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:1387610/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:1395354/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:155567/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:1584603/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:1657126/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:492625/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:2247335/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:2131262/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:1892240/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:191380/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:1944919/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:1947643/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:1954311/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:2043860/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:2306208/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:89788/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:1383250/1‑49 (MQ=255) gaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt > 1:1263265/1‑49 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGtagcatc > 1:169055/1‑54 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCTGCATGGTCGATg > 1:280877/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGtc > 1:948121/1‑62 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGAt > 1:375983/1‑66 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGAt > 1:1354203/1‑66 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGAt > 1:1342068/1‑66 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGAt > 1:943124/1‑66 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGAt > 1:1641981/1‑66 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:263090/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:904458/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:908774/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:925095/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:336613/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:300699/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:389548/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:931987/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:2312347/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:2295187/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:958313/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1019846/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:982557/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:34601/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:866146/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:865752/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:438303/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:842183/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:498315/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:508465/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:76828/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:517650/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:58251/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:597195/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:726649/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:60934/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:609823/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:711740/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:691464/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1230995/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:2197354/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1437466/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1425749/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1379582/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1357511/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1318392/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1310242/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1281820/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1238369/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1617803/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1219408/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:117470/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1165194/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1132096/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1112899/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1087773/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1084825/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1075223/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1908584/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:2123199/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:2122868/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:2121138/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:2076648/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:201053/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1991529/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1961117/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1958957/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1627960/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1903564/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:186864/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1853294/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1766095/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1722894/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1720448/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1679374/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1631039/1‑67 (MQ=255) gTTGTCGACCAATCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGTAGCATCAGCATGGTCGATg > 1:1097320/1‑67 (MQ=255) | GTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATG > minE/2661054‑2661168 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |