| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,984,502 | G→C | 100% | S12T (AGC→ACC) | creD → | inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,984,502 | 0 | G | C | 89.5% | 305.4 / 20.1 | 95 | S12T (AGC→ACC) | creD | inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/0); new base C (85/0); total (95/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCTGCCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGA > minE/2984444‑2984546 | gctgcCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTg > 1:287392/1‑67 (MQ=255)gctgcCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTg > 1:408954/1‑67 (MQ=255)gctgcCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTg > 1:654186/1‑67 (MQ=255)gctgcCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTg > 1:1198352/1‑67 (MQ=255)gctgcCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTg > 1:855236/1‑67 (MQ=255) aTGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGAtt > 1:1077131/1‑66 (MQ=255) aTGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGAtt > 1:604321/1‑66 (MQ=255) aTGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGAtt > 1:1046985/1‑66 (MQ=255) aTGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGAtt > 1:63742/1‑66 (MQ=255) aTGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGAtt > 1:1027882/1‑66 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTAt > 1:1122589/1‑40 (MQ=37) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGa > 1:1189216/1‑58 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:452676/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:496583/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:499225/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:418495/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:412020/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:411607/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:2246424/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:388144/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:380704/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:380472/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:360575/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:333248/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:330720/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:324375/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:301208/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:251884/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:2262987/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:97621/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:720119/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1026069/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:944546/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:920905/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:826598/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:814306/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:794958/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:789821/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:789612/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:748992/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:521424/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:699557/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:679782/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:662636/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:647129/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:626253/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:617635/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:560393/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:543345/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:527021/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1307707/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:2225833/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1561600/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1516374/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1487608/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1484995/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1439923/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1404880/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1362284/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1325830/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1308178/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1567041/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1255410/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1250423/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1242243/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1241305/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1220595/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1195419/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1178370/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1104341/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1066364/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1044880/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1867864/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:2215155/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:2212030/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:2097916/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:2091140/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:2015975/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:197555/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1948983/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1935602/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1577508/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1857510/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1780710/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1772974/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1753414/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1654738/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1607376/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:160547/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATCGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:48574/1‑67 (MQ=255) ccccTGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGAAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTg > 1:1524250/1‑66 (MQ=255) ccccTGTTATGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTAtt > 1:2006716/1‑41 (MQ=255) ccccTGTTATGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAAt > 1:1048511/1‑62 (MQ=255) ccccTGTACTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:1658256/1‑67 (MQ=255) ccccAGTTCTGGAAAATGACCACCTTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGa > 1:297654/1‑67 (MQ=255) | GCTGCCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGA > minE/2984444‑2984546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |