| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 317,881 | G→T | 100% | G959G (GGG→GGT) | kefA → | fused mechanosensitive channel proteins |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 317,881 | 0 | G | T | 86.0% | 219.0 / 38.1 | 100 | G959G (GGG→GGT) | kefA | fused mechanosensitive channel proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/0); new base T (0/86); total (14/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATTCTATTCGAACGTCCGGTGCGTATTGGCGATACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAT > minE/317822‑317923 | aTTCTGTTCGAGCGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:100012/67‑3 (MQ=25)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTATGgtca < 1:149202/67‑3 (MQ=25)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:2234422/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:381081/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:335055/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:302004/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:299984/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:266045/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:256377/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:244645/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:237646/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:236782/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:383820/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:2188511/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:2182180/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:2121340/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:2098376/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:2023520/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:2017252/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:200621/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:2001783/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1966254/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:743118/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:993426/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:986311/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:98050/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:970464/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:96694/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:916867/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:881551/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:823833/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:814194/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:744301/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:2053272/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:735310/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:727292/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:705011/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:643262/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:630799/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:628262/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:586955/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:538106/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:53541/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:476700/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1360773/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1478481/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1466071/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1461875/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1413445/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1042815/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:107323/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1391160/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:110144/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1458761/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1107510/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1351808/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1120794/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1327914/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1309518/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1247642/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1227902/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1133646/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1710798/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1893153/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:186368/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1852991/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1831346/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1784670/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1935754/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:177529/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1757068/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1745807/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1607800/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1649253/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1634371/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1620916/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1617990/67‑3 (MQ=37)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACCgtca < 1:297991/67‑3 (MQ=25)aTTCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTAAGgtca < 1:1409616/67‑3 (MQ=25)aTTCTGTTCGAACGTCCGGGGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1260569/67‑3 (MQ=255)aTTCTATTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:2024685/67‑3 (MQ=37) ttCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:95703/66‑3 (MQ=37) ttCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:549985/66‑3 (MQ=37) ttCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1036705/66‑3 (MQ=37) ttCTGTTCGAACGTCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1042160/66‑3 (MQ=37) aaCGTCCGGTGCGTATTGGCGATACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCg > 1:1448184/1‑67 (MQ=255) tCCGGTGCGCATAGGCGACACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGTACGgtca < 1:1037586/53‑3 (MQ=25) ggTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAt > 1:915697/1‑67 (MQ=255) ggTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAt > 1:1023503/1‑67 (MQ=255) ggTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAt > 1:639879/1‑67 (MQ=255) ggTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAt > 1:630380/1‑67 (MQ=255) ggTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAt > 1:1369954/1‑67 (MQ=255) ggTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAt > 1:562101/1‑67 (MQ=255) ggTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAt > 1:1407980/1‑67 (MQ=255) ggTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAt > 1:466985/1‑67 (MQ=255) ggTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAt > 1:425113/1‑67 (MQ=255) ggTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAt > 1:398107/1‑67 (MQ=255) ggTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAt > 1:35460/1‑67 (MQ=255) ggTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAt > 1:2239528/1‑67 (MQ=255) ggTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAt > 1:2059128/1‑67 (MQ=255) | ATTCTATTCGAACGTCCGGTGCGTATTGGCGATACGGTAACCATTGGTAGCTTCTCGGGGACGGTAAGTAAGATCCGTATTCGTGCGACAACGATTACCGAT > minE/317822‑317923 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |