| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 457,148 | C→A | 100% | G126G (GGC→GGA) | ybgK → | predicted enzyme subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 457,148 | 0 | C | A | 86.8% | 132.5 / 15.2 | 53 | G126G (GGC→GGA) | ybgK | predicted enzyme subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/7); new base A (0/46); total (0/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGG > minE/457085‑457210 | gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:718199/67‑1 (MQ=255)gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1769264/67‑1 (MQ=255)gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1900187/67‑1 (MQ=255)gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:772308/67‑1 (MQ=255)gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:19747/67‑1 (MQ=255)gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:2048900/67‑1 (MQ=255)gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:723642/67‑1 (MQ=255)gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:2233941/67‑1 (MQ=255)gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:2243565/67‑1 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(MQ=255)gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:169518/67‑1 (MQ=255)gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTCCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1894019/67‑1 (MQ=255)gcagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCAGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:884054/67‑1 (MQ=255) cagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1018198/66‑1 (MQ=255) cagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1209031/66‑1 (MQ=255) cagcaCGGGATGCGCAGTTATCTTGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGATCa < 1:1174398/66‑1 (MQ=255) gccgGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACt < 1:1958924/66‑1 (MQ=255) gccgGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACt < 1:1297625/66‑1 (MQ=255) gggCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATgg < 1:403610/66‑1 (MQ=255) gggCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATgg < 1:262166/66‑1 (MQ=255) gggCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATgg < 1:1087639/66‑1 (MQ=255) gggCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCCGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATgg < 1:2065094/66‑1 (MQ=255) ggCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGGGTACTGAAGGATgg < 1:1200030/65‑1 (MQ=255) | GCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGG > minE/457085‑457210 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |