| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 617,295 | C→T | 100% | G111G (GGC→GGT) | ycaL → | predicted peptidase with chaperone function |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 617,295 | 0 | C | T | 88.3% | 225.6 / 17.0 | 85 | G111G (GGC→GGT) | ycaL | predicted peptidase with chaperone function |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/6); new base T (75/0); total (79/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAATGACAACGAAATTGAAGGCGTTC > minE/617251‑617356 | gTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGc < 1:452439/66‑1 (MQ=255)gTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGc < 1:59110/66‑1 (MQ=255)gTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGc < 1:165399/66‑1 (MQ=255)gTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGc < 1:1102997/66‑1 (MQ=255)gTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGc < 1:68072/66‑1 (MQ=255)gTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTACGTGTCTACAGTGGc < 1:793135/66‑1 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTgg > 1:2121889/1‑40 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACatgatg > 1:1652165/1‑56 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACatg > 1:206977/1‑53 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg > 1:844457/1‑66 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg > 1:1714049/1‑66 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg > 1:11010/1‑66 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg > 1:2233078/1‑66 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg > 1:325849/1‑66 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg > 1:722134/1‑66 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACg > 1:1921683/1‑66 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:2312526/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:2310409/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:284010/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:2298073/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:2149586/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:2290305/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:357446/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:2125514/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:381033/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:2281079/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:436278/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:599255/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:783489/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:98534/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:979423/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:952721/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:931849/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:884789/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:883657/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:86437/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:800671/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:51517/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:778234/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:752193/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:69902/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:698638/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:2017280/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:581862/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:519899/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1579667/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1720589/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1154029/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:2055477/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1709616/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1695455/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1638648/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1594064/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1585623/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1731982/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:131506/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1462339/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1446644/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:143635/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1330653/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1326868/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1318530/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1852421/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1071684/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:109049/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1091489/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1962387/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1946015/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1919210/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1905944/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1886122/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1824221/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1777474/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1769396/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1763888/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1742496/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1137222/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1736917/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTTGTGTTCGTGTCTACAGTGGACTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:1712422/1‑67 (MQ=255) cATGGGCGATGGCGAACGGTGGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAACGACAACGa > 1:2046516/1‑67 (MQ=255) cATCGGCGATGGCGAACCGTTGAGTTCGTGTCAACAGAGGACTGATCGACAAGATCAACGACa > 1:1715422/1‑63 (MQ=255) aaCGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAATGACAACGAAATTGAAGGCGTTc > 1:1552826/1‑67 (MQ=255) aaCGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAATGACAACGAAATTGAAGGCGTTc > 1:423074/1‑67 (MQ=255) aaCGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAATGACAACGAAATTGAAGGCGTTc > 1:105675/1‑67 (MQ=255) aaCGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAATGACAACGAAATTGAAGGCGTTc > 1:2101533/1‑67 (MQ=255) | GTTTATATGACCAGCGACGTCAACGCATGGGCGATGGCGAACGGCTGTGTTCGTGTCTACAGTGGCCTGATGGACATGATGAATGACAACGAAATTGAAGGCGTTC > minE/617251‑617356 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |