Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	117,086	T→A	100%	S244S (TCT→TCA)	acnB →	bifunctional aconitate hydratase 2 and 2‑methylisocitrate dehydratase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	117,086	0	T	A	84.2%	144.3 / 19.3	57	S244S (TCT→TCA)	acnB	bifunctional aconitate hydratase 2 and 2‑methylisocitrate dehydratase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (9/0);  new base A (0/48);  total (9/48)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-10
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

CAACAGAAAGGTTTCCCGCTGGCGTACGTCGGTGACGTTGTGGGTACGGGTTCTTCGCGTAAATCCGCCACTAACTCCGTTCTGTGGTTTATGG  >  minE/117033‑117126                                                      |                                         catcAGAAAGGTTTCCCGCTGGCGTACGTCGGTGACGTTGTGGGTACGGGTTCATCGCGTAAATc                               <  1:1785304/62‑1 (MQ=255) cAACAGAAAGGTTTCCCGCTGGCGTACGTCGGTGACGTTGTGGGTACGGGTTCATCGCGTAAATc                               <  1:292136/65‑1 (MQ=255) cAACAGAAAGGTTTCCCGCTGGCGTACGTCGGTGACGTTGTGGGTACGGGTTCATCGCGTAAATc                               <  1:1761454/65‑1 (MQ=255) cAACAGAAAGGTTTCCCGCTGGCGTACGTCGGTGACGTTGTGGGTACGGGTTCATCGCGTAAATc                               <  1:1786050/65‑1 (MQ=255) cAACAGAAAGGTTTCCCGCTGGCGTACGTCGGTGACGTTGTGGGTACGGGTTCATCGCGTAAATc                               <  1:1822111/65‑1 (MQ=255) cAACAGAAAGGTTTCCCGCTGGCGTACGTCGGTGACGTTGTGGGTACGGGTTCATCGCGTAAATc                               <  1:1824864/65‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑