Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 975,227 T→C 100% intergenic (+979/+13) lsrB → / ← ydeH AI2 transporter/conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE975,2270TC90.9% 123.7 / 3.4 44intergenic (+979/+13)lsrB/ydeHAI2 transporter/conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/4);  new base C (40/0);  total (40/4)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.37e-06
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

AACATCCATATTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGT‑ATCGGTTAATGCCGCAGTAAAAGAAAGCA  >  minE/975217‑975286
          |                                                            
aaCATCCATTCTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1622140/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTaaaa         >  1:1528620/1‑64 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagta      >  1:840612/1‑65 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:538121/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:215380/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:2188741/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:2221320/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:228766/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:239736/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:328100/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:333996/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:400132/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:13127/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:558613/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:621455/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:65659/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:684056/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:775037/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:899440/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:905862/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:989546/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1556410/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1183782/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1314100/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1314141/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1344589/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1358690/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1385653/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:142089/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1453885/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1912989/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1680314/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1713/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:176941/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1847704/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaagaa      >  1:1905222/1‑67 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaaga       >  1:1691449/1‑66 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaaga       >  1:2078052/1‑66 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGTAATCGGTTAATGCCGCAGTAaaaga       >  1:1942092/1‑66 (MQ=255)
aaCATCCATACTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGT‑aat                            >  1:1332039/1‑42 (MQ=38)
   aTCCATATTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGT‑ATCGGTTAATGCCGCAGTAAAAGAAAGCa  <  1:1514906/67‑1 (MQ=255)
   aTCCATATTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGT‑ATCGGTTAATGCCGCAGTAAAAGAAAGCa  <  1:1482865/67‑1 (MQ=255)
   aTCCATATTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGT‑ATCGGTTAATGCCGCAGTAAAAGAAAGCa  <  1:238529/67‑1 (MQ=255)
   aTCCATATTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGT‑ATCGGTTAATGCCGCAGTAAAAGAAAGCa  <  1:2284953/67‑1 (MQ=255)
          |                                                            
AACATCCATATTGCTACGGATCGTCAGCAAATAAATTTTGT‑ATCGGTTAATGCCGCAGTAAAAGAAAGCA  >  minE/975217‑975286

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑