| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,841,595 | A→G | 100% | T187T (ACT→ACC) | ispD ← | 4‑diphosphocytidyl‑2C‑methyl‑D‑erythritol synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,841,595 | 0 | A | G | 94.5% | 224.0 / 2.5 | 72 | T187T (ACT→ACC) | ispD | 4‑diphosphocytidyl‑2C‑methyl‑D‑erythritol synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/0); new base G (0/68); total (4/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.72e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AGGATGGAATCCGCAATATTCCAGCGCCGAGGCTTCGTCGGTAATAGTCGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGACAGTCATGTAACAGCTCACGA > minE/1841550‑1841646 | aGGATGGAATCCGCAATATTCCAGCGCCGAGGCTTCGTCGGTAATAGTCGCGCCTTCATTTAGAgcg > 1:994624/1‑67 (MQ=255)aGGATGGAATCCGCAATATTCCAGCGCCGAGGCTTCGTCGGTAATAGTCGCGCCTTCATTTAGAgcg > 1:2301039/1‑67 (MQ=255)aGGATGGAATCCGCAATATTCCAGCGCCGAGGCTTCGTCGGTAATAGTCGCGCCTTCATTTAGAgcg > 1:1364128/1‑67 (MQ=255)aGGATGGAATCCGCAATATTCCAGCGCCGAGGCTTCGTCGGTAATAGTCGCGCCTTCATTTAGAgc > 1:1005401/1‑66 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:2046930/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:325913/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:961757/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:2284809/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:2225798/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:2149072/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:2129954/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:2082812/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:2047419/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:361184/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:2042257/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:2036971/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:2024457/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:202037/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1973593/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:19420/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1861065/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:914582/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:393554/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:52930/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:544165/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:554804/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:580041/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:931437/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:60607/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:627393/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:633565/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:742910/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:789966/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:847890/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:850916/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:862150/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:905978/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1216780/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:143548/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1426379/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1402757/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1369020/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1359710/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1308664/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1251502/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1248904/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:145560/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1185368/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1149055/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1137117/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1104212/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1071053/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1056028/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1022365/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1582532/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:182838/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:179411/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1742950/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1702449/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1671090/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1653090/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1598951/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1592037/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1916354/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1499441/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1474876/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1467798/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1466055/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1464874/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1463281/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:146036/67‑1 (MQ=255) ggCCTCATCGGTAATGGTAGCGCCTTCATCTAGAGCGCGCGTCAGGCAGTCATGTAACAGCTCACGa < 1:1330655/67‑1 (MQ=255) | AGGATGGAATCCGCAATATTCCAGCGCCGAGGCTTCGTCGGTAATAGTCGCGCCTTCATTTAGAGCGCGCGTCAGACAGTCATGTAACAGCTCACGA > minE/1841550‑1841646 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |