| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,948,722 | A→G | 100% | H32H (CAT→CAC) | gcvH ← | glycine cleavage complex lipoylprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,948,722 | 0 | A | G | 99.0% | 326.3 / ‑4.5 | 95 | H32H (CAT→CAC) | gcvH | glycine cleavage complex lipoylprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (94/0); total (94/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGTTGCGCCCACTTCCGGCAGGTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCATGTTCGGTAATACCAACGGTGTAAGTGCCG > minE/1948665‑1948752 | cGTTGCGCCCACTTCCGGCAGGTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCATGTTCGGt < 1:1054152/66‑1 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGtt > 1:245090/1‑41 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTc > 1:1440117/1‑42 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCaa > 1:570139/1‑53 (MQ=38) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTg > 1:741618/1‑64 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGcc > 1:1074769/1‑66 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGcc > 1:1398097/1‑66 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGcc > 1:1730607/1‑66 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGcc > 1:530740/1‑66 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:247234/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:447968/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1036310/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:2289129/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:2249748/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:2237633/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:2196543/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:2186508/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:2130995/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:211992/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:2096699/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:2088137/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:2080196/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:2003327/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1960670/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1951491/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:193361/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:189826/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1876786/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1855173/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:576122/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:915619/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:912435/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:894602/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:861876/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:784149/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:741093/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:724625/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:666927/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:659580/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:582781/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:263041/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:569116/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:567148/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:549835/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:529393/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:454650/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:451207/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:950604/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:443391/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:29324/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1290380/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:18545/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1444742/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1420286/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1410794/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1370061/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1345592/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1337257/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1331493/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1310394/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:129881/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1483623/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1258872/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1251544/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:123664/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1206538/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1106041/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1105251/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:110402/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1101009/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1089494/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1071175/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1490615/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1821844/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1795380/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1787053/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1775793/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1759449/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1738785/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1718393/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1703577/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:167531/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1656280/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1622343/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1586212/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1533357/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1530702/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1526538/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:150067/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1500311/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:150014/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1488886/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAACGGTGTAAGTGACg > 1:1248652/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGCCAAAGGTGTAAGTGCCg > 1:1262350/1‑67 (MQ=255) gTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCGTGTTCGGTGATGACAACGGTGTAAGTGCCg > 1:1934694/1‑67 (MQ=255) | CGTTGCGCCCACTTCCGGCAGGTCAACAAACACCATATCGCCTAACAGCTCCTGAGCATGTTCGGTAATACCAACGGTGTAAGTGCCG > minE/1948665‑1948752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |