| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 286,800 | T→C | 18.7% | P302P (CCT→CCC) | clpX → | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 286,800 | 0 | T | C | 18.7% | 149.8 / 27.9 | 67 | P302P (CCT→CCC) | clpX | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/31); new base C (7/5); total (30/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGCAAGCGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGATT > minE/286733‑286863 | aagcaagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGa > 1:2577210/1‑70 (MQ=255) aagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTa > 1:3512077/1‑71 (MQ=255) gAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTg > 1:3133336/1‑70 (MQ=255) gAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTg > 1:2121810/1‑70 (MQ=255) ggCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTAt < 1:3577366/65‑1 (MQ=255) cGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGtt < 1:692585/60‑1 (MQ=255) cGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGtt < 1:428705/60‑1 (MQ=255) cGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGtt < 1:2685532/60‑1 (MQ=255) aGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTa > 1:1130704/1‑60 (MQ=255) aGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTa > 1:3842965/1‑60 (MQ=255) aGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTa > 1:1496440/1‑60 (MQ=255) aGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTa > 1:3936953/1‑60 (MQ=255) ctgctgGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGcc < 1:2509856/71‑1 (MQ=255) gctgGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGgtcgtc > 1:3306787/1‑65 (MQ=255) gctgGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCgg > 1:3100407/1‑71 (MQ=255) gcgcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGtt < 1:1666780/69‑1 (MQ=255) gcgcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGtt < 1:152581/69‑1 (MQ=255) gcgcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGtt < 1:2749353/69‑1 (MQ=255) gcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCg > 1:405635/1‑71 (MQ=255) ggTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGtt < 1:2982657/45‑1 (MQ=255) gTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:2850532/47‑1 (MQ=255) gTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:2602666/47‑1 (MQ=255) gTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:2944823/47‑1 (MQ=255) gTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:2176325/47‑1 (MQ=255) gTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:1188563/47‑1 (MQ=255) ttGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGtt < 1:1639139/43‑1 (MQ=255) tGAGCCGGAAGATCTGATCAAGTTTAGTCTTATCCCTGAGTTTATTg > 1:2279646/1‑47 (MQ=255) tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTg > 1:908831/1‑47 (MQ=255) ggAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:3886029/39‑1 (MQ=255) ggAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGc < 1:2723570/60‑1 (MQ=255) aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg < 1:2250035/66‑1 (MQ=255) aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg < 1:902982/66‑1 (MQ=255) aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg < 1:2491609/66‑1 (MQ=255) aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg < 1:614330/66‑1 (MQ=255) tCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCTTCTGCCgg < 1:1953272/47‑1 (MQ=255) tCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCgg < 1:3279216/47‑1 (MQ=255) tCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCgg < 1:429270/47‑1 (MQ=255) tCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCgg < 1:2739630/47‑1 (MQ=255) tCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACt > 1:3973823/1‑69 (MQ=255) tCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACt > 1:1836849/1‑69 (MQ=255) tCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACt > 1:2737732/1‑69 (MQ=255) tCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaa > 1:3065899/1‑63 (MQ=255) tCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaa > 1:3245924/1‑63 (MQ=255) tCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaa > 1:2239475/1‑63 (MQ=255) tCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaa > 1:2724547/1‑63 (MQ=255) cTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTTTCGCAACGTtgaatgaa > 1:1314479/1‑66 (MQ=255) cTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatgaa > 1:415978/1‑66 (MQ=255) aTCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCga < 1:3338568/71‑1 (MQ=255) aTCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCga < 1:3696090/71‑1 (MQ=255) aTCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCga < 1:961351/71‑1 (MQ=255) aTCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCg < 1:1176678/70‑1 (MQ=255) aTCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTg < 1:3422629/66‑1 (MQ=255) aTCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTg < 1:2237013/66‑1 (MQ=255) aTCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTg < 1:1102304/66‑1 (MQ=255) gTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGaagaag < 1:1182396/71‑1 (MQ=255) gTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCATCGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGgtct < 1:691817/70‑1 (MQ=255) gTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGctct < 1:617754/70‑1 (MQ=255) gTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGctct < 1:3839968/70‑1 (MQ=255) gTCTTATCCCAGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGctct < 1:3018958/70‑1 (MQ=255) aTCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg > 1:3437859/1‑46 (MQ=255) aTCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg > 1:405543/1‑46 (MQ=255) aTCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg > 1:3052732/1‑46 (MQ=255) aTCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg > 1:2410407/1‑46 (MQ=255) aTCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg > 1:2489607/1‑46 (MQ=255) aTCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaa > 1:3084809/1‑44 (MQ=255) aTCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGAtt > 1:1911445/1‑69 (MQ=255) aTCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGAtt > 1:2218074/1‑69 (MQ=255) | AAGCAAGCGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGATT > minE/286733‑286863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |