| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,971,396 | T→C | 35.9% | V71A (GTG→GCG) | serB → | 3‑phosphoserine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,971,396 | 0 | T | C | 35.9% | 56.7 / 66.9 | 64 | V71A (GTG→GCG) | serB | 3‑phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/29); new base C (13/10); total (25/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
AAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCG > minE/2971329‑2971466 | aaaCAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTgg > 1:814161/1‑70 (MQ=255) acGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGAt > 1:2258598/1‑70 (MQ=255) acGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGAt > 1:3505639/1‑70 (MQ=255) acGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGAt > 1:345521/1‑70 (MQ=255) acGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGAt > 1:1627004/1‑70 (MQ=255) cGTCTGAGCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTa > 1:2088382/1‑71 (MQ=255) cGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGAtt < 1:2960580/70‑1 (MQ=255) cGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTa > 1:3504321/1‑71 (MQ=255) tGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGTTTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAg > 1:3552608/1‑71 (MQ=255) tGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAg > 1:3773386/1‑71 (MQ=255) tGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAg > 1:463919/1‑71 (MQ=255) aCCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGt < 1:3942144/71‑1 (MQ=255) aCCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGt < 1:2521330/71‑1 (MQ=255) aCCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAg < 1:3432823/69‑1 (MQ=255) aCCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAg < 1:1277517/69‑1 (MQ=255) aCCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGt < 1:2402624/71‑1 (MQ=255) aCCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGt < 1:3505959/71‑1 (MQ=255) cccAATACCAGAGCAAACTGGGTGCTGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTg < 1:1332728/71‑1 (MQ=255) cccAATACCAGAGCAAACTGGGTGCTGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTg < 1:1327919/71‑1 (MQ=255) cccAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGt < 1:2419557/70‑1 (MQ=255) cccAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAg < 1:292932/68‑1 (MQ=255) ccAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGa < 1:4063733/71‑1 (MQ=255) tACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCg < 1:1275172/71‑1 (MQ=255) tACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCg > 1:1955792/1‑71 (MQ=255) tACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCg > 1:3096807/1‑71 (MQ=255) tACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCg > 1:2363449/1‑71 (MQ=255) tACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCg > 1:1901561/1‑71 (MQ=255) tACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCg > 1:3574773/1‑71 (MQ=255) aCCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGaa < 1:2254901/53‑1 (MQ=255) ccAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTg < 1:3241217/64‑1 (MQ=255) agCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGc < 1:2393628/71‑1 (MQ=255) cAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCa < 1:867063/54‑1 (MQ=255) cAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCa < 1:2679373/54‑1 (MQ=255) aaaCTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCa < 1:887598/53‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTa < 1:3328549/49‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTa < 1:4027222/49‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTc < 1:3163218/60‑1 (MQ=255) cTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGAt < 1:3872122/45‑1 (MQ=255) tGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGAt < 1:622587/44‑1 (MQ=255) ggcgATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCg < 1:2431510/71‑1 (MQ=255) ggcgATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCg < 1:1245419/71‑1 (MQ=255) ggcgATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCg < 1:1226592/71‑1 (MQ=255) gTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactca > 1:2670122/1‑61 (MQ=255) tGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGAt < 1:3125622/40‑1 (MQ=255) tGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGAt < 1:3136165/40‑1 (MQ=255) tGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGAt < 1:2212623/40‑1 (MQ=255) tGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACggg > 1:347160/1‑69 (MQ=255) tGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGc > 1:2596687/1‑70 (MQ=255) agtgttgCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa < 1:932995/68‑1 (MQ=255) aTTGTTGCCGCCTTGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa < 1:3726389/70‑1 (MQ=255) aTTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa < 1:2366928/70‑1 (MQ=255) aTTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa > 1:1458860/1‑70 (MQ=255) aTTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa < 1:779040/70‑1 (MQ=255) aTTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa < 1:1211923/70‑1 (MQ=255) aTTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa < 1:1018422/70‑1 (MQ=255) aTTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGCCTa < 1:1870559/70‑1 (MQ=255) tgttgCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTacac > 1:2327315/1‑71 (MQ=255) tgttgCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTacac > 1:1388559/1‑71 (MQ=255) ttgCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGc > 1:3949079/1‑71 (MQ=255) ttgCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGc > 1:4049001/1‑71 (MQ=255) tGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCa > 1:2388827/1‑71 (MQ=255) tGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCa > 1:87696/1‑71 (MQ=255) tGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtca < 1:1345590/42‑1 (MQ=255) tGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtca < 1:1276437/42‑1 (MQ=255) tGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAgcg > 1:3042363/1‑71 (MQ=255) | AAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCG > minE/2971329‑2971466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |