| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 80,697 | T→C | 6.8% | S436S (AGT→AGC) | murF → | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 80,697 | 0 | T | C | 6.8% | 338.2 / 13.2 | 119 | S436S (AGT→AGC) | murF | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (65/45); new base C (2/6); total (68/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
ACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATT > minE/80632‑80766 | aCGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTgccgc > 1:3284028/1‑71 (MQ=255) cgcgTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTgccgc < 1:1755746/70‑1 (MQ=255) cgTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCAt > 1:2311586/1‑71 (MQ=255) tCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATgg < 1:1189532/71‑1 (MQ=255) tCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATgg < 1:1535875/71‑1 (MQ=255) ttAAATTACTGATTGCTTAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATgg > 1:3130526/1‑69 (MQ=255) ttAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATgg > 1:359098/1‑69 (MQ=255) ttAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATgg > 1:1882051/1‑69 (MQ=255) ttAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATgg > 1:550518/1‑69 (MQ=255) aaaTTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAag < 1:2204904/70‑1 (MQ=255) aTTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAagag < 1:2020758/70‑1 (MQ=255) ttACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGgt < 1:3902899/71‑1 (MQ=255) ttACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGCGCCGCCATGGAAGAgg > 1:2772930/1‑70 (MQ=255) ttACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGCGCCGCCATGGAAGAgg > 1:1702914/1‑70 (MQ=255) aCTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAgg > 1:2398194/1‑68 (MQ=255) aCTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAgg > 1:1626007/1‑68 (MQ=255) aCTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAgg > 1:2479405/1‑68 (MQ=255) aCTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAgg > 1:1190185/1‑68 (MQ=255) 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aaTTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGgta > 1:2490047/1‑49 (MQ=255) aaTTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGgta > 1:2046701/1‑49 (MQ=255) aaTTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGgta > 1:2149144/1‑49 (MQ=255) aTTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGaa > 1:1632465/1‑68 (MQ=255) aTTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGaa > 1:3561079/1‑68 (MQ=255) aTTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGaa > 1:405881/1‑68 (MQ=255) aTTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGaa > 1:2024842/1‑68 (MQ=255) ttACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGaa < 1:95159/41‑1 (MQ=255) ttACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGaa < 1:538140/41‑1 (MQ=255) ttACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGaa < 1:580903/41‑1 (MQ=255) ttACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTAc < 1:3697302/60‑1 (MQ=255) ttACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATgg > 1:1573574/1‑70 (MQ=255) aCGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGaa > 1:1241860/1‑39 (MQ=255) aCGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGaa > 1:218435/1‑39 (MQ=255) aCGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGaa > 1:324056/1‑39 (MQ=255) aCGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGaa > 1:4125458/1‑39 (MQ=255) aCGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGaa > 1:4061670/1‑39 (MQ=255) aCGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGaa > 1:600826/1‑39 (MQ=255) aCGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGaa > 1:4039698/1‑39 (MQ=255) aCGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGaa > 1:1321713/1‑39 (MQ=255) aCGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGaa > 1:3686262/1‑39 (MQ=255) aCGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAaga > 1:1127728/1‑41 (MQ=255) aCGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAaga > 1:1635864/1‑41 (MQ=255) aCGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAaga > 1:916807/1‑41 (MQ=255) aCGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGa > 1:584892/1‑70 (MQ=255) gATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAag < 1:1903618/38‑1 (MQ=255) aTTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGgtag < 1:2966859/43‑1 (MQ=255) aTTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGgtag < 1:819224/43‑1 (MQ=255) aTTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGgtag < 1:3449815/43‑1 (MQ=255) aTTTTAGCTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGgtag < 1:2411036/43‑1 (MQ=255) ttttAGTTAAGGGTTCACGTAGAGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTAACAGGAGAATGGGACATg > 1:1229663/1‑70 (MQ=255) tAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAg > 1:4076945/1‑71 (MQ=255) tAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAg > 1:195694/1‑71 (MQ=255) tAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAg > 1:3204688/1‑71 (MQ=255) aGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGgta > 1:2715756/1‑37 (MQ=255) aGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGgta > 1:592811/1‑37 (MQ=255) ttCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTa < 1:454922/40‑1 (MQ=255) ttCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTa < 1:2873211/40‑1 (MQ=255) tCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtggctggc > 1:1196317/1‑70 (MQ=255) tCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGcc > 1:3239079/1‑71 (MQ=255) aCGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtgg > 1:967634/1‑63 (MQ=255) aCGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtgg > 1:1059533/1‑63 (MQ=255) tAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTCACAGgag < 1:1828846/40‑1 (MQ=255) tGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGt < 1:4012761/53‑1 (MQ=255) tGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGt < 1:2486639/53‑1 (MQ=255) tGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGt < 1:2047867/53‑1 (MQ=255) tGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGt < 1:2030044/53‑1 (MQ=255) tGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGt < 1:171694/53‑1 (MQ=255) tGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGt < 1:1281953/53‑1 (MQ=255) tGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACAt < 1:87113/69‑1 (MQ=255) | ACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATT > minE/80632‑80766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |