| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 899,197 | C→T | 20.9% | P78L (CCT→CTT) | pspC → | transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 899,197 | 0 | C | T | 20.9% | 144.1 / 33.2 | 67 | P78L (CCT→CTT) | pspC | transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/25); new base T (6/8); total (34/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
CATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCGA > minE/899135‑899263 | catcatTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCcagca < 1:868760/71‑1 (MQ=255) atcatTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCcagcag > 1:878493/1‑71 (MQ=255) atcatTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCcagcag > 1:2082768/1‑71 (MQ=255) atcatTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCcagcag > 1:3831498/1‑71 (MQ=255) ttttGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGaa > 1:840064/1‑71 (MQ=255) ttttGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGaa > 1:2600404/1‑71 (MQ=255) ttttGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGa > 1:622752/1‑70 (MQ=255) gTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGc > 1:2594491/1‑71 (MQ=255) tCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGc < 1:3802662/70‑1 (MQ=255) tCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGc < 1:3268537/70‑1 (MQ=255) tCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGc < 1:3462040/70‑1 (MQ=255) tCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGc < 1:48359/70‑1 (MQ=255) tCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGc < 1:795556/70‑1 (MQ=255) ttGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGAt > 1:671132/1‑71 (MQ=255) ttGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGAt > 1:2434604/1‑71 (MQ=255) tGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGAt > 1:3608505/1‑70 (MQ=255) tGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGAt > 1:4091163/1‑70 (MQ=255) tGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGAt > 1:3010430/1‑70 (MQ=255) tGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGAt > 1:2476381/1‑70 (MQ=255) gcgcTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATg < 1:1135703/70‑1 (MQ=255) gcgcTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATg < 1:3135335/70‑1 (MQ=255) tCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGAcc < 1:3147277/71‑1 (MQ=255) tCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGAcc < 1:701480/71‑1 (MQ=255) aaTGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTg < 1:2423906/71‑1 (MQ=255) aTGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTc < 1:816783/38‑1 (MQ=255) aTGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTg > 1:3124852/1‑70 (MQ=255) gCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCagcagc > 1:1023029/1‑43 (MQ=255) gCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCagcagc > 1:1716050/1‑43 (MQ=255) gCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCagcagc > 1:299353/1‑43 (MQ=255) gCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGaa > 1:1878375/1‑70 (MQ=255) cGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTg < 1:1804443/71‑1 (MQ=255) cGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTg < 1:1999649/71‑1 (MQ=255) aacaTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTggcggc < 1:2900478/71‑1 (MQ=255) aacaTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTggcggc < 1:1141817/71‑1 (MQ=255) acaTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCTGCAGCg < 1:5341/36‑1 (MQ=255) acaTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCg < 1:2183758/36‑1 (MQ=255) acaTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCg < 1:3820856/36‑1 (MQ=255) acaTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTggcggc < 1:225233/70‑1 (MQ=255) acaTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCa < 1:2809301/71‑1 (MQ=255) aTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAg > 1:3048024/1‑71 (MQ=255) tttGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGa < 1:2965222/41‑1 (MQ=255) ttGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGaa > 1:3785513/1‑53 (MQ=255) ttGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGaa > 1:1239249/1‑53 (MQ=255) ttGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGaa > 1:1872330/1‑53 (MQ=255) ttGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGaa > 1:520308/1‑53 (MQ=255) tGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGa > 1:3596979/1‑36 (MQ=255) tGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGa > 1:1228242/1‑36 (MQ=255) tGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGa > 1:1658045/1‑36 (MQ=255) tGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGa > 1:3601561/1‑36 (MQ=255) tGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGa > 1:2053161/1‑36 (MQ=255) tGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAAcgc > 1:725652/1‑71 (MQ=255) tGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAAcgc > 1:283066/1‑71 (MQ=255) tGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATT‑CTGGa > 1:232843/1‑35 (MQ=38) gttGAGAAGATACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGAcc < 1:2053513/44‑1 (MQ=255) ggTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAAcgc < 1:3272893/70‑1 (MQ=255) tGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCg < 1:2075125/41‑1 (MQ=255) tGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGtt < 1:4085645/71‑1 (MQ=255) tGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGtt < 1:3034498/71‑1 (MQ=255) tGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGtt < 1:2244145/71‑1 (MQ=255) tGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGtt < 1:1725743/71‑1 (MQ=255) cagcTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTAcg > 1:2202182/1‑71 (MQ=255) cTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGaa < 1:1201985/42‑1 (MQ=255) cTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCga < 1:3609334/71‑1 (MQ=255) cTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTTAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCga < 1:3851084/71‑1 (MQ=255) cTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCga < 1:2613547/71‑1 (MQ=255) aCCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAAc > 1:2425275/1‑41 (MQ=255) aCCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACt > 1:2239496/1‑42 (MQ=255) | CATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCGA > minE/899135‑899263 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |