| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,005,633 | C→T | 5.8% | intergenic (‑39/‑485) | pntA ← / → ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,005,633 | 0 | C | T | 5.8% | 340.0 / 7.6 | 104 | intergenic (‑39/‑485) | pntA/ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/54); new base T (3/3); total (47/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACA > minE/1005566‑1005702 | aaCCGTACTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCtgt > 1:2931420/1‑71 (MQ=255) ctctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCGCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAg > 1:1784350/1‑69 (MQ=255) ctctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCTTGTGTCAgg < 1:1729695/70‑1 (MQ=255) ctctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCTTGTGTCAgg < 1:1761800/70‑1 (MQ=255) ctctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCa > 1:1112110/1‑68 (MQ=255) ctctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAgg < 1:2132974/70‑1 (MQ=255) ctctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAgg < 1:1780022/70‑1 (MQ=255) ctctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAg > 1:1953937/1‑69 (MQ=255) ctctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAg > 1:1557055/1‑69 (MQ=255) tctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCTTGTGTCAgg < 1:3978135/69‑1 (MQ=255) ttGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGa < 1:3243562/68‑1 (MQ=255) ttGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGa < 1:2517505/68‑1 (MQ=255) ttGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGa < 1:807659/68‑1 (MQ=255) ggTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCca > 1:2512046/1‑70 (MQ=255) ggTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCca > 1:1151091/1‑70 (MQ=255) gTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCcac < 1:2681912/70‑1 (MQ=255) tGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCcacac > 1:1470254/1‑69 (MQ=255) tGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACaa < 1:1977752/71‑1 (MQ=255) ccAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACaa < 1:2802902/69‑1 (MQ=255) aaTTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAgg < 1:3631265/57‑1 (MQ=255) aaTTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAgg < 1:3140851/57‑1 (MQ=255) aaTTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAgg < 1:1310211/57‑1 (MQ=255) aaTTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAgctg > 1:2617598/1‑71 (MQ=255) aaTTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAgctg < 1:1563061/71‑1 (MQ=255) aaTTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAgctg > 1:1329288/1‑71 (MQ=255) aTTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGc < 1:3264033/59‑1 (MQ=255) ttCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAg > 1:2511718/1‑57 (MQ=255) ttCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAg > 1:2914913/1‑57 (MQ=255) ttCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCca < 1:3715166/60‑1 (MQ=255) ttCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAgctgct < 1:597595/71‑1 (MQ=255) tCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCa > 1:2927777/1‑52 (MQ=255) tCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCa > 1:1087428/1‑52 (MQ=255) tCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCa > 1:541403/1‑52 (MQ=255) tCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCa > 1:3330656/1‑52 (MQ=255) tCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCa > 1:2821441/1‑52 (MQ=255) tCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGa > 1:3349837/1‑55 (MQ=255) cGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGc > 1:3892203/1‑56 (MQ=255) cGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCa > 1:822058/1‑71 (MQ=255) cATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATg < 1:166557/71‑1 (MQ=255) gATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGcc > 1:3755116/1‑39 (MQ=255) gATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGcc > 1:1594718/1‑39 (MQ=255) gATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGcc > 1:81511/1‑39 (MQ=255) gATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGcc > 1:1575354/1‑39 (MQ=255) gATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGcc > 1:1411013/1‑39 (MQ=255) gATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGcc > 1:246571/1‑39 (MQ=255) gATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGcc > 1:871358/1‑39 (MQ=255) tatTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCAGACAAGCTGCTCATGTAc > 1:1173794/1‑69 (MQ=255) tatTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCGTGTAc > 1:3747132/1‑69 (MQ=255) tCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGc < 1:1037427/46‑1 (MQ=255) tCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGc < 1:329301/46‑1 (MQ=255) tCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGc > 1:718935/1‑70 (MQ=255) cccTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTa > 1:3679520/1‑64 (MQ=255) cccTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGc > 1:3813274/1‑69 (MQ=255) ttCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGc < 1:1484193/42‑1 (MQ=255) ttCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGc < 1:1463558/42‑1 (MQ=255) ttCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGc < 1:1228432/42‑1 (MQ=255) ttCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGc < 1:3123498/42‑1 (MQ=255) ccATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAAt < 1:3521739/69‑1 (MQ=255) ccATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAAt < 1:3225468/69‑1 (MQ=255) ccATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAAt < 1:936487/69‑1 (MQ=255) ccATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGt > 1:864863/1‑71 (MQ=255) ccATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGt > 1:67423/1‑71 (MQ=255) ccATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGt > 1:2274303/1‑71 (MQ=255) ccATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGt > 1:1961743/1‑71 (MQ=255) acATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAAt < 1:1137645/68‑1 (MQ=255) cGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCAt > 1:1618014/1‑52 (MQ=255) cGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCAt > 1:2024638/1‑52 (MQ=255) ggTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTAAGGAGCCACACAAGCTGCTCa > 1:434043/1‑50 (MQ=255) tttATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCAt > 1:102811/1‑48 (MQ=255) tttATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATg > 1:1482541/1‑49 (MQ=255) tttATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATg > 1:307726/1‑49 (MQ=255) ttATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCcact > 1:1596765/1‑34 (MQ=255) ttATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCcaca > 1:3972335/1‑35 (MQ=255) ttATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCcaca > 1:2018057/1‑35 (MQ=255) ttATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACg < 1:1564200/52‑1 (MQ=255) tATTGATGATGGTTTGCTTGTGTCAGGAGCCACACAAGCCGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGtt > 1:2119966/1‑70 (MQ=255) tATTGATGATGGTTTGCTTGTGTCAGGAGCCACACAAGCCGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGtt > 1:719124/1‑70 (MQ=255) tATTGATGATGGTTTGCTTGTGTCAGGAGCCACACAAGCCGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGtt > 1:1801940/1‑70 (MQ=255) ttGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTaa < 1:2656617/70‑1 (MQ=255) ttGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTaa < 1:2281610/70‑1 (MQ=255) ttGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTaa < 1:456187/70‑1 (MQ=255) gatgatGGTTTGCCTGTGTCATGAGCCACACAAGCTGCTc < 1:2039771/40‑1 (MQ=255) gatgatGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACTAGCTGCTc < 1:1830657/40‑1 (MQ=255) gatgatGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTc < 1:2862343/40‑1 (MQ=255) gatgatGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTc < 1:1576577/40‑1 (MQ=255) gatgatGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTc < 1:2016855/40‑1 (MQ=255) atgatgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaata < 1:858188/71‑1 (MQ=255) atgatgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaata < 1:736477/71‑1 (MQ=255) atgatgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaata < 1:3874409/71‑1 (MQ=255) tgatgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaataa < 1:3042764/71‑1 (MQ=255) tgGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTaa < 1:3299187/63‑1 (MQ=255) tttGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGt < 1:1472278/71‑1 (MQ=255) tttGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGt < 1:2283847/71‑1 (MQ=255) tttGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGt < 1:3759757/71‑1 (MQ=255) tttGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGt < 1:3179318/71‑1 (MQ=255) ttGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGt > 1:631623/1‑48 (MQ=255) ttGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGt > 1:3300041/1‑48 (MQ=255) ttGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGt > 1:2711823/1‑48 (MQ=255) ttGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGt > 1:512104/1‑48 (MQ=255) ttGCCTCTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGt > 1:5530/1‑48 (MQ=255) | AACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACA > minE/1005566‑1005702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |