| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,011,234 | A→G | 26.9% | H221R (CAC→CGC) | rstB → | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,011,234 | 0 | A | G | 26.9% | 169.2 / 76.8 | 104 | H221R (CAC→CGC) | rstB | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/38); new base G (8/20); total (46/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATA > minE/1011166‑1011287 | tAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCAc < 1:3916282/70‑1 (MQ=255)tAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCAc < 1:1346551/70‑1 (MQ=255)tAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCAc < 1:766421/70‑1 (MQ=255) aCCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGaa < 1:51804/71‑1 (MQ=255) aTGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCg < 1:2751483/71‑1 (MQ=255) aTGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCg < 1:506582/71‑1 (MQ=255) gACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCg < 1:3463743/65‑1 (MQ=255) cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGt < 1:2470355/71‑1 (MQ=255) cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGt < 1:2936234/71‑1 (MQ=255) cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGt < 1:2063095/71‑1 (MQ=255) cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGt < 1:1461586/71‑1 (MQ=255) cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:654682/71‑1 (MQ=255) cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:1990136/71‑1 (MQ=255) cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:3144649/71‑1 (MQ=255) atatCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:2543284/69‑1 (MQ=255) atatCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:2302725/69‑1 (MQ=255) atatCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:301971/69‑1 (MQ=255) tatCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAg < 1:3289644/71‑1 (MQ=255) tCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCa > 1:3614056/1‑49 (MQ=255) tCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGt < 1:1060627/70‑1 (MQ=255) aaCGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTgcg < 1:1574930/71‑1 (MQ=255) aaCGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTgc > 1:2915873/1‑70 (MQ=255) aaCGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTgc > 1:2685454/1‑70 (MQ=255) aaCGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTgc > 1:489600/1‑70 (MQ=255) aaCGACTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACAcc > 1:1588026/1‑62 (MQ=255) cGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGc < 1:3351723/53‑1 (MQ=255) ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:1422806/1‑54 (MQ=255) ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:264420/1‑54 (MQ=255) ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:2644101/1‑54 (MQ=255) ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:877907/1‑54 (MQ=255) ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:1233510/1‑54 (MQ=255) ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:151304/1‑54 (MQ=255) ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:3201746/1‑54 (MQ=255) ccTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:3488946/1‑54 (MQ=255) cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGc < 1:3836694/71‑1 (MQ=255) cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGc < 1:2158168/71‑1 (MQ=255) cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGc < 1:4114289/71‑1 (MQ=255) cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGc < 1:2894158/71‑1 (MQ=255) cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:312952/59‑1 (MQ=255) cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:471729/59‑1 (MQ=255) cTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:1471874/59‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAaca < 1:3105696/54‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAaca < 1:1417699/54‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAaca < 1:2972927/54‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAaca < 1:2938100/54‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTCCGAaca < 1:9608/54‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACg < 1:3849376/43‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACg < 1:1623429/43‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACg < 1:3392533/43‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCg < 1:812817/50‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACAcctt < 1:447972/58‑3 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:375160/58‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:1810074/58‑1 (MQ=255) tAATTGCCTGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCg < 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aaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt > 1:3562383/1‑70 (MQ=255) aaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt > 1:1790501/1‑70 (MQ=255) aaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt > 1:3117728/1‑70 (MQ=255) aGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAg < 1:1663912/42‑1 (MQ=255) aGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:1230656/39‑1 (MQ=255) aGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAg > 1:3598985/1‑42 (MQ=255) aGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAg > 1:2249267/1‑42 (MQ=255) aGCTTATTGACGGTATAGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAg > 1:2487789/1‑42 (MQ=255) gCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCg < 1:2737911/71‑1 (MQ=255) gCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCg < 1:2562230/71‑1 (MQ=255) cTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCg < 1:3671065/70‑1 (MQ=255) aTTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATa < 1:3338556/70‑1 (MQ=255) gTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGga < 1:539302/52‑1 (MQ=255) gTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGga < 1:2958099/52‑1 (MQ=255) tATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTAt > 1:123401/1‑43 (MQ=255) tATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTAt > 1:675801/1‑43 (MQ=255) gCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGga > 1:3564799/1‑47 (MQ=255) gCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGga > 1:1049653/1‑47 (MQ=255) gCTCGCGAACTCCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGga > 1:2198872/1‑47 (MQ=255) aCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGc < 1:1558376/50‑1 (MQ=255) aCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGc < 1:1659530/50‑1 (MQ=255) aCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGc < 1:3727125/50‑1 (MQ=255) aCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGc < 1:2373896/50‑1 (MQ=255) | TAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATA > minE/1011166‑1011287 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |