| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | minE | 1,132,803 | G→A | 24.7% | intergenic (+119/‑38) | arpB → / → yniD | ECK1718:JW5278+JW1710:b4494; hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,132,803 | 0 | G | A | 24.7% | 187.1 / 62.0 | 97 | intergenic (+119/‑38) | arpB/yniD | ECK1718:JW5278+JW1710:b4494; hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/47); new base A (16/8); total (42/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.62e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AACGCAGAAACAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTT > minE/1132733‑1132872 | aaCGCAGAAACAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTg < 1:4087671/71‑1 (MQ=255) cGCAGAAACAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATc < 1:1249609/71‑1 (MQ=255) aCAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTg > 1:3769911/1‑71 (MQ=255) aCAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTg > 1:338262/1‑71 (MQ=255) aCAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTg > 1:1370814/1‑71 (MQ=255) aCCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTacac > 1:3187089/1‑71 (MQ=255) aCCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTacac > 1:2823789/1‑71 (MQ=255) tgtgCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTa < 1:78196/64‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |