| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,224,676 | T→C | 25.0% | F180L (TTT→CTT) | yebU → | predicted methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,224,676 | 0 | T | C | 25.0% | 116.1 / 45.1 | 68 | F180L (TTT→CTT) | yebU | predicted methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/23); new base C (14/3); total (42/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
AGTGTTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGT > minE/1224606‑1224743 | aGTGTTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCgtgt > 1:2613235/1‑71 (MQ=255)aGTGTTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCgtgt > 1:1681875/1‑71 (MQ=255)aGTGTTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCgtgt > 1:1445180/1‑71 (MQ=255) gtgtTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGtt < 1:1031324/71‑1 (MQ=255) tgtTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGctt < 1:2287676/71‑1 (MQ=255) tgtTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGctt < 1:3032888/71‑1 (MQ=255) tgtTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGctt < 1:602765/71‑1 (MQ=255) tgtTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGctt < 1:506410/71‑1 (MQ=255) gtTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGctt < 1:2543658/70‑1 (MQ=255) aCATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTg > 1:2498342/1‑71 (MQ=255) aCATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTg > 1:3003632/1‑71 (MQ=255) aCATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTg > 1:3149341/1‑71 (MQ=255) ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGc < 1:41837/70‑1 (MQ=255) ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGc < 1:1077735/70‑1 (MQ=255) ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGc < 1:3259271/70‑1 (MQ=255) aaTATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGttt < 1:3627223/60‑1 (MQ=255) aaTATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGttt < 1:1536572/60‑1 (MQ=255) aaTATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGttt < 1:2865209/60‑1 (MQ=255) aaTATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGttt < 1:2110719/60‑1 (MQ=255) tCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGttt < 1:1282039/56‑1 (MQ=255) tCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGc > 1:2413649/1‑69 (MQ=255) tCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGc > 1:4056160/1‑69 (MQ=255) tCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGc > 1:770337/1‑69 (MQ=255) tCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGc > 1:1312959/1‑69 (MQ=255) tCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGc > 1:2437846/1‑69 (MQ=255) tCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGc > 1:2096016/1‑69 (MQ=255) aGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAg > 1:946169/1‑70 (MQ=255) aGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAg > 1:392571/1‑70 (MQ=255) aGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAg > 1:1709038/1‑70 (MQ=255) aGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAg > 1:4069687/1‑70 (MQ=255) aGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGa < 1:2526761/71‑1 (MQ=255) cTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGt < 1:1977360/71‑1 (MQ=255) cTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGt < 1:3881308/71‑1 (MQ=255) tgtgGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGttt < 1:771374/48‑1 (MQ=255) tgtgGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGttt < 1:2532556/48‑1 (MQ=255) tgtgGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGt < 1:3993653/70‑1 (MQ=255) gtgGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGctt < 1:1451229/47‑1 (MQ=255) tCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGc > 1:3053903/1‑70 (MQ=255) tCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGc > 1:3794699/1‑70 (MQ=255) tCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGc > 1:4009459/1‑70 (MQ=255) gTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGctt < 1:1051203/38‑1 (MQ=255) gTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGctt < 1:3794341/38‑1 (MQ=255) gTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGctt < 1:3586824/38‑1 (MQ=255) gTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGctt < 1:1408859/38‑1 (MQ=255) gTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGctt < 1:3362281/38‑1 (MQ=255) tAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTg < 1:1405714/38‑1 (MQ=255) tAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTg < 1:1799178/38‑1 (MQ=255) aaTGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt > 1:2912325/1‑71 (MQ=255) aaTGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt > 1:3677514/1‑71 (MQ=255) aaTGTTGAGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTgg > 1:397750/1‑38 (MQ=37) aTGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt < 1:848257/70‑1 (MQ=255) aTGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt < 1:3759541/70‑1 (MQ=255) tGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGc < 1:2048870/71‑1 (MQ=255) tGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGc < 1:2417453/71‑1 (MQ=255) tGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGc < 1:3056542/71‑1 (MQ=255) ttGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGt > 1:1910128/1‑35 (MQ=255) ttGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:615697/71‑1 (MQ=255) ttGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:1451172/71‑1 (MQ=255) ttGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGa > 1:1193410/1‑58 (MQ=255) ttGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGa > 1:3942501/1‑58 (MQ=255) ttGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGa > 1:1656723/1‑58 (MQ=255) ttGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGa > 1:1614288/1‑58 (MQ=255) ttGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTCCGGCAGTGCCAGAAATGTTCg > 1:3615653/1‑57 (MQ=255) gcgcTCGCACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGa > 1:536313/1‑71 (MQ=255) cgcTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCt > 1:3644847/1‑67 (MQ=255) cgcTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCt > 1:4067066/1‑67 (MQ=255) cgcTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGACAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCt > 1:1147861/1‑67 (MQ=255) acacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGa > 1:782156/1‑65 (MQ=255) acacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGa > 1:2847720/1‑65 (MQ=255) acacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGa > 1:74718/1‑65 (MQ=255) acacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGa > 1:2375567/1‑65 (MQ=255) acacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGa > 1:3119947/1‑65 (MQ=255) acacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGa > 1:3516578/1‑65 (MQ=255) acacaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCt < 1:1656596/69‑1 (MQ=255) caTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAAAGTTCGa > 1:315979/1‑47 (MQ=255) aTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGc > 1:1855382/1‑71 (MQ=255) aTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGc > 1:3950808/1‑71 (MQ=255) aTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGc < 1:1895828/71‑1 (MQ=255) ttttGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCg < 1:3430525/44‑1 (MQ=255) ttttGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCg < 1:2283483/44‑1 (MQ=255) ttttGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAt < 1:2525914/51‑1 (MQ=255) ttGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAttt > 1:934014/1‑51 (MQ=255) ttGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGctct > 1:1552436/1‑71 (MQ=255) ttGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGctct > 1:572233/1‑71 (MQ=255) ttGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGctct > 1:3473483/1‑71 (MQ=255) gCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt < 1:660273/46‑1 (MQ=255) gCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt < 1:3356637/46‑1 (MQ=255) gCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGAGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt < 1:929924/46‑1 (MQ=255) cgcgTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:996053/48‑1 (MQ=255) gcgTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTg < 1:3813463/44‑1 (MQ=255) gtgtTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCgt < 1:101561/71‑1 (MQ=255) tgtTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCgt < 1:1179024/70‑1 (MQ=255) | AGTGTTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGT > minE/1224606‑1224743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |