| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,283,225 | C→T | 5.1% | A1668A (GCC→GCT) | yeeJ → | adhesin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,283,225 | 0 | C | T | 5.1% | 389.7 / 6.6 | 116 | A1668A (GCC→GCT) | yeeJ | adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/42); new base T (3/3); total (71/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GCACCTACCCCGTGACAGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCACGACCGAG > minE/1283155‑1283291 | gCACCTACCCCGTGACAGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGcc < 1:314545/71‑1 (MQ=255) cTACCCCGTGACAGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATg < 1:4023626/71‑1 (MQ=255) tACCCCGTGACAGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGc > 1:2372218/1‑71 (MQ=255) tACCCCGTGACAGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGc > 1:2451575/1‑71 (MQ=255) aCCCCGTGACAGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCt > 1:1054083/1‑71 (MQ=255) aCCCCGTGACAGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCt > 1:1261621/1‑71 (MQ=255) aCCCCGTGACAGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCt > 1:330636/1‑71 (MQ=255) ccccGTGACAGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCTGATGCt < 1:5579/70‑1 (MQ=255) ccccGTGACAGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCt < 1:1874547/70‑1 (MQ=255) ccccGTGACAGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCt < 1:3668159/70‑1 (MQ=255) cGTGACAGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTa > 1:2762607/1‑71 (MQ=255) aGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCaa < 1:1182100/71‑1 (MQ=255) tAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCTGATGCTGGTACCGCaaaa > 1:3599285/1‑70 (MQ=255) tAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAAc > 1:1403260/1‑71 (MQ=255) tGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTgg > 1:3714949/1‑55 (MQ=255) tGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTgg > 1:1276204/1‑55 (MQ=255) tGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTgg > 1:588683/1‑55 (MQ=255) tGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTgg > 1:2844492/1‑55 (MQ=255) tGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTgg > 1:2575502/1‑55 (MQ=255) tGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTgg > 1:832605/1‑55 (MQ=255) tGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGcc < 1:954726/71‑1 (MQ=255) tGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGcc < 1:1792146/71‑1 (MQ=255) tGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGcc < 1:1326136/71‑1 (MQ=255) aaCAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTgg > 1:1105618/1‑53 (MQ=255) aaCAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTgg > 1:1958696/1‑53 (MQ=255) aaCAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGcctc > 1:2185289/1‑71 (MQ=255) aCAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCaaaa > 1:611358/1‑62 (MQ=255) aCAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCaaaa > 1:1693883/1‑62 (MQ=255) aCAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCaaaa > 1:441977/1‑62 (MQ=255) aCAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCaaaa > 1:3816902/1‑62 (MQ=255) cAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGcctcct > 1:27672/1‑71 (MQ=255) cAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGcctcct > 1:2082476/1‑71 (MQ=255) cAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGcctcct > 1:2449055/1‑71 (MQ=255) aTTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTa < 1:2476166/71‑1 (MQ=255) tATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGcc < 1:2796656/39‑1 (MQ=255) tATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGcc < 1:144808/39‑1 (MQ=255) tATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGcc < 1:2916341/39‑1 (MQ=255) tATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGcc < 1:360125/39‑1 (MQ=255) tATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGcc < 1:48243/39‑1 (MQ=255) tATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGcc < 1:503999/39‑1 (MQ=255) tGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGc > 1:2642682/1‑42 (MQ=255) tgtCAGTGATACGAATCAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTg < 1:1397935/71‑1 (MQ=255) tCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCaa < 1:1190872/48‑1 (MQ=255) tCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGta > 1:1715632/1‑71 (MQ=255) tCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGta > 1:353726/1‑71 (MQ=255) tCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGta > 1:3297636/1‑71 (MQ=255) tCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGta > 1:3172554/1‑71 (MQ=255) tCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGta > 1:828448/1‑71 (MQ=255) aGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGc > 1:372001/1‑53 (MQ=255) aGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGc > 1:3015919/1‑53 (MQ=255) aTACGAAACAGGTGACTTTGATTGCTGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCa < 1:3563225/71‑1 (MQ=255) aTACGAAACAGGTGACTTTGATTGCTGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCa < 1:2160319/71‑1 (MQ=255) aTACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCTATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCa < 1:140010/71‑1 (MQ=255) aTACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTg < 1:3540712/63‑1 (MQ=255) aTACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTg < 1:2876726/63‑1 (MQ=255) aTACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTg < 1:3994625/63‑1 (MQ=255) aTACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTg < 1:3196392/63‑1 (MQ=255) aTACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTg < 1:2698579/63‑1 (MQ=255) aTACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCa > 1:1803408/1‑71 (MQ=255) aTACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCa > 1:3741690/1‑71 (MQ=255) aCGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAAc > 1:2278374/1‑43 (MQ=255) aCGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAAc > 1:532210/1‑43 (MQ=255) aCGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAAc > 1:3235935/1‑43 (MQ=255) aCGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAAc > 1:1283575/1‑43 (MQ=255) cGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATtc > 1:3425439/1‑71 (MQ=255) cAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTcgtcgt < 1:3462444/71‑1 (MQ=255) gTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAg < 1:1755791/71‑1 (MQ=255) gTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAg < 1:2522126/71‑1 (MQ=255) gACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGtata > 1:487244/1‑54 (MQ=255) gACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGtata > 1:1938728/1‑54 (MQ=255) gACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGtata > 1:2492900/1‑54 (MQ=255) gACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGtata > 1:2853370/1‑54 (MQ=255) gACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGtata > 1:345496/1‑54 (MQ=255) aCTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCa > 1:198182/1‑57 (MQ=255) cTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTa < 1:2481513/41‑1 (MQ=255) cTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTa < 1:2709839/41‑1 (MQ=255) cTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTa < 1:2101749/41‑1 (MQ=255) cTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTa < 1:2644608/41‑1 (MQ=255) cTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTa < 1:182356/41‑1 (MQ=255) cTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTa < 1:3378533/41‑1 (MQ=255) cTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAg < 1:1313096/67‑1 (MQ=255) cTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCAc > 1:1157174/1‑70 (MQ=255) cTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCAc > 1:1755287/1‑70 (MQ=255) cTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCACg < 1:3284703/71‑1 (MQ=255) cTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCACg < 1:1275299/71‑1 (MQ=255) tttGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGcctcct > 1:255361/1‑38 (MQ=255) tttGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGcctcct > 1:3761422/1‑38 (MQ=255) tttGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGcctcct > 1:2302490/1‑38 (MQ=255) tttGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGcctcct > 1:2716500/1‑38 (MQ=255) tttGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGcctcct > 1:85854/1‑38 (MQ=255) tttGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGcctcct > 1:2988177/1‑38 (MQ=255) tGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCa > 1:3999418/1‑53 (MQ=255) gATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCACGAcc > 1:3505976/1‑70 (MQ=255) gATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCACGAcc > 1:3825267/1‑70 (MQ=255) ttGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCACGACCGAg < 1:2689568/71‑1 (MQ=255) ttGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCACGACCGAg < 1:3979779/71‑1 (MQ=255) ttGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCACGACCGAg < 1:2349527/71‑1 (MQ=255) ttGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCACGACCGAg < 1:132046/71‑1 (MQ=255) ttGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCACGACCGAg < 1:1459147/71‑1 (MQ=255) tGCCGTTGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAAGCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCACGACCGAg < 1:3109806/70‑1 (MQ=255) | GCACCTACCCCGTGACAGTTAGCGTGAACAATTATGGTGTCAGTGATACGAAACAGGTGACTTTGATTGCCGATGCTGGTACCGCAAAACTAGCCTCCTTAACCTCTGTATACTCATTCGTCGTCAGCACGACCGAG > minE/1283155‑1283291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |