| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,500,488 | A→G | 10.7% | F38L (TTT→CTT) | nuoB ← | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,500,488 | 0 | A | G | 10.7% | 249.1 / 20.1 | 93 | F38L (TTT→CTT) | nuoB | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/49); new base G (7/3); total (41/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGACCGAAGTTATACGGCCAAATTGAGTTTTTACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCAGGGGGTAACGG > minE/1500418‑1500555 | aGACCGAAGTTATACGGCCAAATTGAGTTTTTACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATaaa > 1:2091535/1‑71 (MQ=255) cGAAGTTATACGGCCAAATTGAGTTTTTACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACg < 1:855260/71‑1 (MQ=255) ttATACGGCCAAATTGAGTTTTTACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGttttt < 1:1156309/71‑1 (MQ=255) ataCGGCCAAATTGAGTTTTTACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGt > 1:2273176/1‑71 (MQ=255) ataCGGCCAAATTGAGTTTTTACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGt > 1:1187106/1‑71 (MQ=255) gCCAAATTGAGTTTTTACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGttttt < 1:743429/64‑1 (MQ=255) gCCAAATTGAGTTTTTACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAAct < 1:2174985/71‑1 (MQ=255) gCCAAATTGAGTTTTTACGACCCCAGTTAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAAct < 1:634827/71‑1 (MQ=255) 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1:2024542/51‑1 (MQ=255) ttAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGtttt < 1:959995/37‑1 (MQ=255) ttAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGtttt < 1:2770251/37‑1 (MQ=255) ttAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAActt < 1:2737422/46‑1 (MQ=255) ttAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCagag < 1:2422948/58‑1 (MQ=255) tAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTg > 1:1486731/1‑49 (MQ=255) tAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTg > 1:2205847/1‑49 (MQ=255) tAACCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTg > 1:1699056/1‑49 (MQ=255) tAAACATGTCATTGAGCTTGCCCATAAACACGTTTTTGTTAActtctt > 1:2921390/1‑48 (MQ=255) aaCCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAGCACGTTTTTGTTAACTTCTTGCt > 1:1266106/1‑50 (MQ=255) aaCCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAGCACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTc > 1:2695695/1‑51 (MQ=255) aaCCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAGCACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTc > 1:2014739/1‑51 (MQ=255) aaCCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAGCACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTc > 1:1870124/1‑51 (MQ=255) aaCCATGTCATTGAGCTTGCCCATAAGCACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTc > 1:2379085/1‑51 (MQ=255) 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1:1969784/68‑1 (MQ=255) cATAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCAGGGGGt < 1:3923387/68‑1 (MQ=255) tAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCAgggg < 1:719546/64‑1 (MQ=255) tAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCAgggg < 1:1375399/64‑1 (MQ=255) tAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCAGGGGGTAACgg > 1:906410/1‑71 (MQ=255) tAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCAGGGGGTAACgg > 1:237164/1‑71 (MQ=255) tAAACACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCAGGGGGTAACg > 1:3002579/1‑70 (MQ=255) tAAACAAGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCAgggg < 1:2124734/64‑1 (MQ=255) aaaCACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCAg > 1:395551/1‑60 (MQ=255) aaaCACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCAg > 1:847549/1‑60 (MQ=255) aaaCACGTTTTTGTTAACTTCTTGCTCCAGAGGGTCGGTTACGATCTCCTGCTTTTGCAg > 1:2389714/1‑60 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |