| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,598,488 | C→T | 37.2% | A60A (GCG→GCA) | yfeT ← | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,598,488 | 0 | C | T | 37.2% | 84.1 / 89.0 | 86 | A60A (GCG→GCA) | yfeT | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/24); new base T (22/10); total (52/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCATTCGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCATCTGCCGT > minE/1598419‑1598557 | ggCATTCGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTgcg > 1:854119/1‑71 (MQ=255)ggCATTCGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTgcg > 1:2841592/1‑71 (MQ=255)ggCATTCGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTgcg > 1:2378542/1‑71 (MQ=255) gCATTCGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTgcgc > 1:2092610/1‑71 (MQ=255) cATTCGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTgcgc < 1:3011036/70‑1 (MQ=255) tCGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCATTTCAGTAAATCCTTGCGCGcc > 1:1503169/1‑70 (MQ=255) tCGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGcc > 1:2732264/1‑70 (MQ=255) cGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGcc > 1:1935228/1‑69 (MQ=255) cGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGcc > 1:1051660/1‑69 (MQ=255) cGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGcc > 1:1013199/1‑69 (MQ=255) cGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGcc > 1:1062061/1‑69 (MQ=255) ttCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGttt > 1:2269885/1‑71 (MQ=255) ttCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGttt > 1:2311859/1‑71 (MQ=255) ttCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGttt > 1:2819367/1‑71 (MQ=255) ttCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGttt > 1:3837972/1‑71 (MQ=255) ttCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGttt > 1:3310052/1‑71 (MQ=255) ttCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGttt > 1:47175/1‑71 (MQ=255) ttCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGttt > 1:751194/1‑71 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc > 1:2566435/1‑58 (MQ=255) ttAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTg > 1:730725/1‑46 (MQ=255) ttAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTgg > 1:1772406/1‑71 (MQ=255) atAACGCCATACGCAAATCAGTAAAACCTAGTGCGcc > 1:199193/2‑37 (MQ=19) tAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc < 1:3313894/57‑1 (MQ=255) aaCGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAg > 1:2899463/1‑38 (MQ=255) aaCGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAg > 1:3170320/1‑38 (MQ=255) aCGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTa < 1:3134633/71‑1 (MQ=255) aCGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCt < 1:1674767/70‑1 (MQ=255) ccATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGc < 1:583911/57‑1 (MQ=255) tACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTg > 1:1499/1‑37 (MQ=255) tACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGcc > 1:2824440/1‑70 (MQ=255) tACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGcc > 1:3584824/1‑70 (MQ=255) tACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCt < 1:2213776/64‑1 (MQ=255) tACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCt < 1:3945580/64‑1 (MQ=255) tACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTACACTATGCTCGACTGGCt < 1:2115425/64‑1 (MQ=255) cGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGa > 1:2862428/1‑56 (MQ=255) cGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAg > 1:1366054/1‑71 (MQ=255) cGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTgg > 1:3013636/1‑36 (MQ=255) cGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTaa > 1:88282/1‑64 (MQ=255) cGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTaa > 1:3985102/1‑64 (MQ=255) cGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTa > 1:2660055/1‑63 (MQ=255) cGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTa > 1:3073233/1‑63 (MQ=255) cGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGa > 1:240186/1‑70 (MQ=255) cAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCt > 1:529816/1‑71 (MQ=255) aTTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGt < 1:26916/71‑1 (MQ=255) aTTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGt < 1:3286214/71‑1 (MQ=255) aTTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGt < 1:748561/71‑1 (MQ=255) aTTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGt < 1:338944/71‑1 (MQ=255) aTTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGt < 1:3281630/71‑1 (MQ=255) tCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAAt > 1:1877779/1‑36 (MQ=255) tAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGAc < 1:793620/47‑1 (MQ=255) tAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGAc < 1:1845929/47‑1 (MQ=255) tAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGAc < 1:1625384/47‑1 (MQ=255) 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tCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCATCt < 1:415684/71‑1 (MQ=255) ccTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCATCTg > 1:3155910/1‑71 (MQ=255) ccTTGCGAGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTTGCt < 1:955502/47‑1 (MQ=38) cTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCATCTGc > 1:3773038/1‑71 (MQ=255) gcgcgcCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCATCTGCCg < 1:1727584/70‑1 (MQ=255) gcgcgcCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCATCTGCCg < 1:2226334/70‑1 (MQ=255) gcgcgcCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCATCTGCCg < 1:2054904/70‑1 (MQ=255) cgcgcCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCATCTGCCGt < 1:3820740/70‑1 (MQ=255) | GGCATTCGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCATCTGCCGT > minE/1598419‑1598557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |