| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,890,961 | G→A | 25.8% | P208S (CCG→TCG) | gudP ← | predicted D‑glucarate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,890,961 | 0 | G | A | 25.8% | 118.2 / 43.8 | 66 | P208S (CCG→TCG) | gudP | predicted D‑glucarate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/26); new base A (9/8); total (32/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
TTGCTGATCCATATTGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGATGACAATCCCCA > minE/1890893‑1891017 | ttGCTGATCCATATTGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGAt > 1:3654781/1‑71 (MQ=255) cTGATCCATATTGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGAATGtt < 1:1267094/71‑1 (MQ=255) ccATATTGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGAt > 1:2623727/1‑63 (MQ=255) ccATATTGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGAt > 1:3560322/1‑63 (MQ=255) tatTGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGAttt < 1:987542/68‑1 (MQ=255) tatTGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGAttt < 1:313491/68‑1 (MQ=255) tatTGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGAttt < 1:1823626/68‑1 (MQ=255) tatTGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGAttt < 1:1524278/68‑1 (MQ=255) tatTGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGAttt < 1:3658177/68‑1 (MQ=255) ttGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCgg > 1:2119766/1‑56 (MQ=255) ttGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTgg > 1:1663571/1‑68 (MQ=255) ttGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTgg > 1:752009/1‑68 (MQ=255) ttGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTgg > 1:3022120/1‑68 (MQ=255) ttGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTgg > 1:2951804/1‑68 (MQ=255) ttGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTc > 1:1624386/1‑71 (MQ=255) ttGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTACAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTc > 1:837092/1‑71 (MQ=255) gATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCg < 1:772343/70‑1 (MQ=255) gATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCg < 1:3329567/70‑1 (MQ=255) gATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCg < 1:3061182/70‑1 (MQ=255) tCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTg < 1:730644/70‑1 (MQ=255) gcACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATCTGGCTCGTGGATGAc < 1:2430042/71‑1 (MQ=255) caccacCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGAc < 1:1911656/70‑1 (MQ=255) ccaccCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGAtt > 1:550824/1‑53 (MQ=255) ccaccCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGAt > 1:3880815/1‑52 (MQ=255) caaccCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGAtt > 1:135551/3‑53 (MQ=255) caccCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTc < 1:2598211/71‑1 (MQ=255) caccCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTc < 1:718554/71‑1 (MQ=255) caccCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTc < 1:2673363/71‑1 (MQ=255) caccCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTc < 1:921845/71‑1 (MQ=255) accCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTc < 1:657602/70‑1 (MQ=255) cgcgGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTGAAc > 1:3520918/1‑70 (MQ=255) cgcgGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAAcc < 1:2996622/71‑1 (MQ=255) cgcgGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAAcc < 1:2241381/71‑1 (MQ=255) gATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATa > 1:2916633/1‑70 (MQ=255) gATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATa > 1:815242/1‑70 (MQ=255) gATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTAGTGGATGACTTTCAACCAGATa > 1:3315019/1‑70 (MQ=255) gATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATaa < 1:40370/71‑1 (MQ=255) gATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATaa < 1:1194570/71‑1 (MQ=255) gATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATa > 1:3312670/1‑70 (MQ=255) gATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATa > 1:2262301/1‑70 (MQ=255) gATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATa > 1:3726614/1‑70 (MQ=255) tACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCt < 1:3917611/71‑1 (MQ=255) cAGCTCTTTCTTATTTACCCCTGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCtga > 1:3269352/1‑68 (MQ=255) cAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGa > 1:1020842/1‑44 (MQ=255) aGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGATGAc < 1:1898311/71‑1 (MQ=255) gCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGATGACa < 1:3653140/71‑1 (MQ=255) gCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGATGACa < 1:3657912/71‑1 (MQ=255) gCTCTTTCTTATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCtga > 1:3681444/1‑66 (MQ=255) gCTCTTTCTTATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGATGAc < 1:2731955/70‑1 (MQ=255) ctctTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGCTGACaa < 1:532086/71‑1 (MQ=255) ctctTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGATGACa < 1:2852442/70‑1 (MQ=255) ctttcttATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCGTg < 1:2489328/37‑1 (MQ=255) ttcttATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCGTGGa > 1:95728/1‑37 (MQ=255) ttcttATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCGTGGa > 1:3366295/1‑37 (MQ=255) ttcttATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCGTGGa > 1:2455962/1‑37 (MQ=255) tcttATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGATGACAAt > 1:1096032/1‑67 (MQ=255) tcttATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGATGACAAt > 1:3026430/1‑67 (MQ=255) tcttATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGATGACAAt > 1:3220461/1‑67 (MQ=255) cttATTTACCCCCGAATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGATGACAATcca > 1:460984/1‑68 (MQ=255) aTTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAg > 1:2975778/1‑52 (MQ=255) aTTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAg > 1:1220642/1‑52 (MQ=255) aTTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAg > 1:1218891/1‑52 (MQ=255) aTTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGATGACAATCCCCa < 1:2745727/68‑1 (MQ=255) tttACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGATGACAATCCCCa < 1:177006/67‑1 (MQ=255) aCCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCa < 1:2972119/41‑1 (MQ=255) aCCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCa < 1:46522/41‑1 (MQ=255) aCCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCa < 1:3911498/41‑1 (MQ=255) | TTGCTGATCCATATTGATCAGCGCACCACCCGCGGCGATGTACTCCAGCTCTTTCTTATTTACCCCCGGATGTTGATTTGGCTCGTGGATGACTTTCAACCAGATAAAGCTGATGACAATCCCCA > minE/1890893‑1891017 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |