| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 216,053 | T→C | 23.1% | intergenic (+222/‑106) | aspV → / → yafT | tRNA‑Asp/predicted aminopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 216,053 | 0 | T | C | 23.1% | 124.4 / 38.0 | 65 | intergenic (+222/‑106) | aspV/yafT | tRNA‑Asp/predicted aminopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/26); new base C (3/12); total (27/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.45e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
GATATCGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTAAATAT > minE/215986‑216123 | gATATAGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATAttt > 1:1656942/1‑70 (MQ=255) atatCGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTc > 1:2273073/1‑70 (MQ=255) gAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGTATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAAtt < 1:885153/70‑1 (MQ=255) gAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAAtt > 1:575211/1‑70 (MQ=255) ttCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttg > 1:157015/1‑71 (MQ=255) ttCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttg > 1:2589757/1‑71 (MQ=255) cAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGa > 1:2703169/1‑64 (MQ=255) cAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttgtt > 1:1444093/1‑71 (MQ=255) cAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttgtt > 1:795520/1‑71 (MQ=255) cAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttgtt > 1:333942/1‑71 (MQ=255) cAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttgtt > 1:2107184/1‑71 (MQ=255) cAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttgtt > 1:55903/1‑71 (MQ=255) cAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATtttgtt > 1:2539380/1‑71 (MQ=255) aGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttgttt < 1:1726755/71‑1 (MQ=255) aGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttgttt < 1:3684237/71‑1 (MQ=255) aGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttgtt < 1:826834/70‑1 (MQ=255) aaaTATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTtgtttgtt < 1:1803946/69‑1 (MQ=255) aaaTATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGttat > 1:3676684/1‑71 (MQ=255) aaaTATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGttat > 1:832621/1‑71 (MQ=255) aaTATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGttatt < 1:1553126/71‑1 (MQ=255) tatatTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTtattat < 1:1594415/71‑1 (MQ=255) tatTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTattatt < 1:1815006/70‑1 (MQ=255) tAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTtgtttgtt < 1:1479936/58‑1 (MQ=255) tAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTtgtttgtt < 1:611496/58‑1 (MQ=255) tAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTtgtttgtt < 1:3086850/58‑1 (MQ=255) tAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt < 1:1761520/65‑1 (MQ=255) agagAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTtgtttgtt < 1:3480793/57‑1 (MQ=255) gagaATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttgttt < 1:2534836/53‑1 (MQ=255) gaATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGta > 1:1236609/1‑71 (MQ=255) aaTAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTg < 1:665141/65‑1 (MQ=255) aaTAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTg < 1:3191462/65‑1 (MQ=255) tAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGttat < 1:2794796/53‑1 (MQ=255) tAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGttat < 1:1605486/53‑1 (MQ=255) tAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGttat < 1:2634002/53‑1 (MQ=255) tAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatat < 1:1731531/71‑1 (MQ=255) tAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtata > 1:3400164/1‑70 (MQ=255) tAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtata > 1:1527906/1‑70 (MQ=255) tAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTtgtttgtt < 1:3095622/51‑1 (MQ=255) tAAATTTATATT‑ATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatat > 1:2719389/1‑70 (MQ=255) aaaTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTaa > 1:238344/1‑59 (MQ=255) aaTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTttgtttgt > 1:1882313/1‑48 (MQ=255) aaTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTttgtttgt > 1:740869/1‑48 (MQ=255) aaTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTaa > 1:1476210/1‑58 (MQ=255) aaTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTaa > 1:922492/1‑58 (MQ=255) aTTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTa < 1:3549787/56‑1 (MQ=255) aTTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTa < 1:1778431/56‑1 (MQ=255) aTTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTa < 1:2688047/56‑1 (MQ=255) aTTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTa < 1:272337/56‑1 (MQ=255) tataTTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTa < 1:605132/70‑1 (MQ=255) atatTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttgttt < 1:1176579/41‑1 (MQ=255) atatTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTaa > 1:3537464/1‑53 (MQ=255) atatTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTag < 1:2477520/70‑1 (MQ=255) ttGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTc < 1:3045306/71‑1 (MQ=255) tGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTcc > 1:1115221/1‑71 (MQ=255) aaaTGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTa < 1:1964939/70‑1 (MQ=255) aaaTGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTa < 1:1249813/70‑1 (MQ=255) aaaTGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTAt > 1:2920858/1‑71 (MQ=255) aaaTGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTAt > 1:1879178/1‑71 (MQ=255) aatgaatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc < 1:2905557/71‑1 (MQ=255) aatgaatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc < 1:136748/71‑1 (MQ=255) aatgaatgTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTAt > 1:1445945/1‑70 (MQ=255) gTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTa < 1:291207/62‑1 (MQ=255) gTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTa < 1:2838243/62‑1 (MQ=255) gTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTa < 1:2804482/62‑1 (MQ=255) gTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTa < 1:3658041/62‑1 (MQ=255) gTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTa < 1:2061671/62‑1 (MQ=255) atatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc > 1:458753/1‑62 (MQ=255) atatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc > 1:795023/1‑62 (MQ=255) atatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc > 1:2200647/1‑62 (MQ=255) atatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc > 1:1060659/1‑62 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCaa < 1:990191/63‑1 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCaa < 1:4051509/63‑1 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAAtt > 1:1458185/1‑64 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATg > 1:557033/1‑65 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATg > 1:3040665/1‑65 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATg > 1:1523133/1‑65 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATg > 1:2044631/1‑65 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTaaa < 1:1916730/70‑1 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTaaa < 1:1909861/70‑1 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTaaa < 1:3585622/70‑1 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTaaa < 1:1352747/70‑1 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTaaa < 1:315936/70‑1 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTaaa < 1:296204/70‑1 (MQ=255) tttCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc < 1:3799478/59‑1 (MQ=255) tttCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc < 1:2247445/59‑1 (MQ=255) tttCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTAAatat > 1:526283/1‑71 (MQ=255) tttCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTAAata < 1:2468100/70‑1 (MQ=255) | GATATCGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTAAATAT > minE/215986‑216123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |