| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,523,040 | T→C | 31.9% | K225K (AAA→AAG) | dinD ← | DNA‑damage‑inducible protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,523,040 | 0 | T | C | 31.9% | 178.6 / 132.4 | 141 | K225K (AAA→AAG) | dinD | DNA‑damage‑inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/50); new base C (19/26); total (65/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CCGCCAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGATTAG > minE/2522972‑2523101 | gCCAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTg < 1:446980/71‑1 (MQ=255) gCCAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTg < 1:2930776/71‑1 (MQ=255) gCCAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTg < 1:3746251/71‑1 (MQ=255) cAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGaa < 1:2957950/71‑1 (MQ=255) cAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGaa < 1:120995/71‑1 (MQ=255) cAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGaa < 1:832218/71‑1 (MQ=255) cAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGaa < 1:3313755/71‑1 (MQ=255) ccTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACg > 1:2681245/1‑71 (MQ=255) gAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCa > 1:1815991/1‑71 (MQ=255) gAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCa > 1:2069481/1‑71 (MQ=255) aaTGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGcc < 1:1114106/69‑1 (MQ=255) aaTGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGcc < 1:3422031/69‑1 (MQ=255) tGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAGAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTg < 1:3450553/57‑1 (MQ=255) tGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATcc > 1:4107268/1‑71 (MQ=255) tGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATcc > 1:973305/1‑71 (MQ=255) tttGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGtttt < 1:377503/53‑1 (MQ=255) tttGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGtttt < 1:2274712/53‑1 (MQ=255) ccTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACTCCATCCCGCTTGa < 1:2371233/71‑1 (MQ=255) ccTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGa < 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(MQ=255) gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAAt < 1:228056/35‑1 (MQ=255) gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAAt < 1:3970602/35‑1 (MQ=255) gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAAt < 1:1122975/35‑1 (MQ=255) gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAAt < 1:1460467/35‑1 (MQ=255) gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCa > 1:2991123/1‑38 (MQ=255) gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCa > 1:3204315/1‑38 (MQ=255) tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc < 1:2149204/36‑1 (MQ=255) tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc < 1:2231834/36‑1 (MQ=255) tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc < 1:3662934/36‑1 (MQ=255) tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc < 1:3194249/36‑1 (MQ=255) tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc < 1:3397621/36‑1 (MQ=255) tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCtt < 1:788489/50‑1 (MQ=255) tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTTTTTggg < 1:527049/70‑1 (MQ=255) tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTggg < 1:3807455/70‑1 (MQ=255) 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tgtgGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGa < 1:3168632/70‑1 (MQ=255) gtgtTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGaaa > 1:1243378/1‑68 (MQ=255) gtgtTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGaaa > 1:3952075/1‑68 (MQ=255) gtgtTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:4088091/70‑1 (MQ=255) gtgtTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGaaa > 1:559421/1‑68 (MQ=255) tgtTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:2005382/69‑1 (MQ=255) tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCtt < 1:1695577/35‑1 (MQ=255) tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCtt < 1:3121127/35‑1 (MQ=255) tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGtttt < 1:1332536/42‑1 (MQ=255) tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGtttt < 1:917658/42‑1 (MQ=255) tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGAt < 1:4002349/70‑1 (MQ=255) ttgcttgcTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTttc > 1:4123937/1‑43 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CCGCCAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGATTAG > minE/2522972‑2523101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |