Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	1,658,643:1	+T	100%	coding (843/1542 nt)	ppx →	exopolyphosphatase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,658,643	1	.	T	97.8%	165.9 / ‑2.9	46	coding (843/1542 nt)	ppx	exopolyphosphatase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (1/0);  new base T (45/0);  total (46/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.
Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch.

TTCCGGGACTGGCGATTTTATGCGGTGTG‑TTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACGG  >  minE/1658615‑1658684                              |                                          ttCCGGGACTGGCGATTTTATGCGGTGTG‑TTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGa     >  1:2098829/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:471868/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1008938/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:2018552/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:2126549/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:226665/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:23583/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:256124/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:299317/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:39367/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:398643/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:435578/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:2013754/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:528170/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:564189/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:60701/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:640895/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:654780/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:713607/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:751467/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:761364/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:846756/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:865721/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1369740/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1023368/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1072436/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1075287/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1093594/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1119104/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1153680/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:12313/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1250212/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:132234/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1365988/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:2000554/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1379826/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:140594/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1596817/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1744513/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:175252/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1844574/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1847037/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1892225/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1893819/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgg  >  1:1895071/1‑67 (MQ=255)     gggACTGGCGATTTTATGCGGTGTGTTTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACgc  >  1:625227/1‑66 (MQ=255)                              |                                          TTCCGGGACTGGCGATTTTATGCGGTGTG‑TTTGATGCTTTAGCCATCCGTGAACTGCGCCTTTCTGACGG  >  minE/1658615‑1658684

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑