Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	247208	247218	11	42 [0]	[0] 5	phoR	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with PhoB

GCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGATGC  >  minE/247143‑247207                                                                 | gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACTGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:30660/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:545350/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1110828/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:248018/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:268452/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:295114/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:314053/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:411344/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:523637/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:53987/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:205793/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:557584/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:748355/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:792227/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:795907/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:839034/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:86677/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:90435/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:914402/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:962111/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:14848/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1112377/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:113084/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1133569/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1161535/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1245448/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1260056/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1386412/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1894804/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1530494/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1545415/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1554109/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:157068/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1649861/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1653626/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1696319/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1793455/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1868843/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAACGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:12958/65‑1 (MQ=255) gCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTAGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:642484/65‑1 (MQ=255)                aGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:1271522/50‑1 (MQ=255)                        cGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGAtgc  <  1:2156218/42‑1 (MQ=255)                                                                 | GCTGTCGAAAATAGAAGCCGCACCGACGCATTTGCTCAATGAAAAGGTTGATGTGCCGATGATGC  >  minE/247143‑247207

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑