Missing coverage evidence...
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TGCGCACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGT  >  minE/402363‑402429                                                                   | tGCGCACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  >  1:856836/1‑67 (MQ=255) tGCGCACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  >  1:791671/1‑67 (MQ=255) tGCGCACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  >  1:1457781/1‑67 (MQ=255) tGCGCACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  >  1:636714/1‑67 (MQ=255) tGCGCACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  >  1:275656/1‑67 (MQ=255) tGCGCACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  >  1:294689/1‑67 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCATGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1209636/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:544786/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:212208/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:246545/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:251133/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:266870/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:287930/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:295695/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:436720/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:472147/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1987490/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:624257/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:861939/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:878739/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:924052/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1646694/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1171119/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1250946/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1345238/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1359802/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:143728/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1468979/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1470450/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1521686/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1014869/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1648033/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1743632/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1751845/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1764835/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1815561/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:18359/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:1923780/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:195714/66‑1 (MQ=255)  gcgcACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGAGCGGAAGCGt  <  1:1885678/66‑1 (MQ=255)                      cGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:616878/46‑1 (MQ=255)                            ccAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGt  <  1:648985/40‑1 (MQ=255)                                                                   | TGCGCACCACGATCATTCGCCCGTTAGCCAGGTTAGTGATTCTGGCGTAGCTGGGGATCGGAAGCGT  >  minE/402363‑402429

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑