Missing coverage evidence...
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GCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCG  >  minE/409897‑409957                                                             | gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTTCACCACGACCAGCg  <  1:1880314/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:386212/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:2014859/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:2024160/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:202980/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:2075481/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:2084563/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:224406/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:353753/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:2008369/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:402612/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:406841/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:424049/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:523062/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:526824/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:599617/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:794096/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1959144/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1088288/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1113751/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1389051/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1409033/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1414214/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1530699/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1684517/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1839089/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1841496/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1867559/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1895688/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:190979/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:194922/61‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1028181/61‑1 (MQ=255) acGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:442616/60‑1 (MQ=255)     ccACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:1727578/57‑1 (MQ=255)              cGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCg  <  1:265593/48‑1 (MQ=255)                                                             | GCGTCCACCGGAACGGTGATTTTGGCACGGACTTTACCGTTAACCTGCACCACGACCAGCG  >  minE/409897‑409957

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑