Missing coverage evidence...
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CATCATTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATGA  >  minE/478791‑478856                                                                  | catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:450934/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:2030587/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:2033112/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:2064346/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:2155979/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:252811/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:377149/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:37908/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:407817/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:433310/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1140579/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:479539/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:591271/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:592017/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:652028/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:670181/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:806954/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:901908/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:960486/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:967627/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:14960/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1164796/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1176385/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1303266/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1356323/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1376415/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1070338/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1404653/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1469170/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1486397/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1575495/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1596684/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:162020/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:173437/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:178860/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1810056/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1819804/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1989400/66‑1 (MQ=255) catcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCGGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1831962/66‑1 (MQ=255)   tcatTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:988290/64‑1 (MQ=255)             gcgTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:1395259/54‑1 (MQ=255)                     tGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATga  <  1:975192/46‑1 (MQ=255)                                                                  | CATCATTGCAACGCGTTCCGTGGATACCCCGGTTATCGGCCTGAAAGAGCTGATGGTGCAGCATGA  >  minE/478791‑478856

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑