Missing coverage evidence...
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CCGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCA  >  minE/665141‑665198                                                          | ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCATCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1108705/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1804768/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:957762/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1820350/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1830794/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1869312/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1885146/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1911134/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:2023424/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:2026839/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:2072359/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:2131356/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:2135490/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:420658/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:431923/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:689934/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1032417/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:179773/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:177146/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1725494/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1685376/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1614811/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1568925/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1427332/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1415586/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1392725/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1353391/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1293403/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1281135/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1128412/58‑1 (MQ=255) ccGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1120814/58‑1 (MQ=255)                        gcGTTGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCa  <  1:1239811/35‑1 (MQ=255)                                                          | CCGGTACGTTGCTGATTGAAGCAGCGATGCTGGCGACCGATCGCGCACCAGGCTTGCA  >  minE/665141‑665198

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑