Missing coverage evidence...
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GATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGT  >  minE/927387‑927453                                                                   | gATAGCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:800/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTTACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1829464/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:414350/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:220491/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:237516/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:237774/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:280318/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:308077/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:340201/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:376620/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:378908/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:379315/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1898862/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:497009/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:578859/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:584720/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:590440/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:672005/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:759482/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:813592/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:838291/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:993367/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:13446/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1071198/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1123356/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1193277/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1195712/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1240688/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1243507/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:12451/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1246130/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1281423/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1046642/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1398306/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1400327/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1419493/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1466503/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1475654/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:160040/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1676324/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1678343/1‑67 (MQ=255) gATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGt  >  1:1897145/1‑67 (MQ=255)                                                                   | GATACCAGGAGTAACTTGCGCCACGCGGGCAGCCGCGAGGTTCATGATTGGGCAGGTCAGGGCGAGT  >  minE/927387‑927453

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑