Missing coverage evidence...
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GCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAT  >  minE/1136279‑1136345                                                                   | gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:643093/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1076515/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1962534/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1988804/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:213825/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:337430/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:484320/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:497020/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:538851/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1920606/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:643619/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:653342/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:667242/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:76720/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:884211/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:888019/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:894628/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1393402/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1084478/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1244791/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1291852/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:131562/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1380041/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1880697/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1404950/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1449604/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1534559/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1617137/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1841945/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1874876/67‑1 (MQ=255) gCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCACTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:684559/67‑1 (MQ=255)  cAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:318389/66‑1 (MQ=255)   aaGGTTATTTGGCGGTCAGAATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:126914/65‑1 (MQ=255)      gTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:185060/62‑1 (MQ=255)      gTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAt  <  1:1202309/62‑1 (MQ=255)                                                                   | GCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCAT  >  minE/1136279‑1136345

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑