Missing coverage evidence...
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GCATAAGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTTA  >  minE/1285573‑1285639                                                                   | ctaTAAGTACTGTCTCATATTCTCTCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:461072/65‑1 (MQ=255)      aGTTCTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:2013408/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAGACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:173440/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:657480/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:202917/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:2121201/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:242017/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:242289/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:348996/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:416548/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:421535/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:644961/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:877822/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:698102/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:700580/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:757977/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:770287/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:777583/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:805485/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:826221/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:856476/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:866687/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1036363/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1457030/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1042175/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1081988/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1083865/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1218258/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1231391/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1283580/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1322278/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1371239/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1381564/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1453460/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1979845/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1465554/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1513403/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1522879/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1651023/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1667364/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1691307/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1697002/62‑1 (MQ=255)      aGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:1906618/62‑1 (MQ=255)          cTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:2157730/58‑1 (MQ=255)                               acacTTTTTAATGCCTTTGCTAATTCATCCAGACTta  <  1:1572119/37‑1 (MQ=255)                                 acTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTta  <  1:86991/35‑1 (MQ=255)                                                                   | GCATAAGTACTGTCTCATATTCTCGCCAAAACACTTTTTAATGCCTTTGCGAATTCATCCAGACTTA  >  minE/1285573‑1285639

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑