Missing coverage evidence...
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TTTCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGAATA  >  minE/1288312‑1288378                                                                   | tttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGC‑GTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:622656/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:284083/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1277122/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:312880/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:329923/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:368050/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:389725/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:476522/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:560165/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:565433/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:590649/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:63273/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:640930/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:740184/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:795374/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:857328/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:861064/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:882521/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:931100/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1708876/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1116809/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1282272/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1391987/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1412707/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1453929/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1489674/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1568601/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:159620/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1691563/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:2007765/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1719107/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1776725/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1792852/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1865794/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1887990/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1933320/66‑1 (MQ=255)  ttCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1944190/66‑1 (MQ=255)   tCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:446961/65‑1 (MQ=255)   tCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:1447004/65‑1 (MQ=255)   tCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:252106/65‑1 (MQ=255)                              gtgCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGaata  <  1:316857/38‑1 (MQ=255)                                                                   | TTTCACATTTCTGTGACATACTATCGGATGTGCGGTAATTGTATGGAACAGGAGACACACATGAATA  >  minE/1288312‑1288378

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑