Missing coverage evidence...
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GTGTCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGC  >  minE/1478936‑1478971                                    | gtgtCATAGAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:874524/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:486387/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:968734/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:88726/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:866602/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:848758/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:828321/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:663404/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:635671/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:579656/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:518099/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:514716/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:101340/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:422977/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:280166/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:260543/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:2152410/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:1977957/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:1729678/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:1556169/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:1435283/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:1431524/1‑36 (MQ=255) gtgtCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGc  >  1:1103603/1‑36 (MQ=255)                                    | GTGTCATAAAGAAAACGCCGGTTGCCCCACGGTTGC  >  minE/1478936‑1478971

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑