Missing coverage evidence...
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CGTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAT  >  minE/1565384‑1565450                                                                   | cgTTCGGTAATCTCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:777240/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:57873/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1936240/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:2048405/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:2088791/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:2131008/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:2145265/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:262451/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:308351/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:391676/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:452793/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1919551/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:583565/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:604478/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:655124/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:716251/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:728287/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:787696/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:973308/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1017592/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1060874/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:12027/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:173651/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1720200/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1257504/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1405798/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1408281/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATAGCGCGAt  <  1:1048490/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTAACAATTGCGCGAt  <  1:1812349/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGGTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1752033/67‑1 (MQ=255) cgTTCGGTAATATCATTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1351966/67‑1 (MQ=255) cgTGCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1711112/67‑1 (MQ=255) agTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1563208/66‑1 (MQ=255)  ggtCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1533494/64‑1 (MQ=255)  gTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1761696/66‑1 (MQ=255)         aaTATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1095936/59‑1 (MQ=255)                          gaTTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCTAt  <  1:1407805/42‑1 (MQ=255)                                 tGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAt  <  1:1153716/35‑1 (MQ=255)                                                                   | CGTTCGGTAATATCTTTTGGCTTGAGATTTTCTGGCAGGCGGTTGTCAGCTTTCACAATTGCGCGAT  >  minE/1565384‑1565450

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑