Missing coverage evidence...
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ACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTGG  >  minE/1805895‑1805961                                                                   | aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:489321/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:258575/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:266838/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:352556/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:367109/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:369502/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:372234/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:449584/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:459049/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:197099/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:528690/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:658972/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:688796/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:711580/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:724125/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:729506/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:853874/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:969275/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1517173/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1118394/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1309120/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1310865/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1389972/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1403392/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:142947/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1450035/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:151376/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1008521/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1562367/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1591482/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:167251/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:168293/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1709926/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1721328/67‑1 (MQ=255) aCTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1800032/67‑1 (MQ=255)  cTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:1675440/66‑1 (MQ=255)  cTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTgg  <  1:726150/66‑1 (MQ=255)                                                                   | ACTATCGCCGGGAATCTGGGCTCATCGCTCAGCCAGGGAACGTGGGTAATCACTTCTTTCGGGGTGG  >  minE/1805895‑1805961

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑