Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2240023	2240031	9	38 [0]	[0] 27	zraS	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ZraR

CGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAT  >  minE/2239957‑2240022                                                                  | cGTTACAGCGCGGCTTATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1357744/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:450550/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1943031/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1970102/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:2054566/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:2099355/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:2118886/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:266914/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:28620/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:302109/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:442473/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1897419/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:486794/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:626105/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:647890/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:715881/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:763202/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:841719/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:862418/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1523171/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1048057/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:111698/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1344515/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1354296/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1445184/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1508049/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1516941/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1521427/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1045685/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1523684/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1682412/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1758754/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1772978/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1775897/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1859654/66‑1 (MQ=255) cGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1860482/66‑1 (MQ=255)  gTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:1431839/65‑1 (MQ=255)  gTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAt  <  1:2022878/65‑1 (MQ=255)                                                                  | CGTTACAGCGCGGCATATTGTGCATTCCATGCCGCCAGGGCGCTGACATTGGCTGGAACAAACGAT  >  minE/2239957‑2240022

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑