Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2259756	2259770	15	40 [0]	[0] 18	rpoB	RNA polymerase, beta subunit

TCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACT  >  minE/2259689‑2259755                                                                   | tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:704390/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:2077338/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:2085811/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:2117577/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:333788/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:400722/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:419239/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:468512/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:518592/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:669807/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:206407/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:734648/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:739737/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:831422/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:908657/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:923628/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:929746/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:956618/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:98078/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:992578/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:159711/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1134214/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1281518/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1291448/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1439247/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1446982/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1481385/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1513006/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:156474/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:157781/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1011030/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:171355/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1719708/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1744235/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1791428/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1806168/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1832815/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1891953/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1940738/1‑67 (MQ=255) tCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACt  >  1:1968866/1‑67 (MQ=255)                                                                   | TCCAGATCGCCCAGAGACAGACGCTCTTTCACCGCACGCTCTACACGTACCAGGCCAACGCGGAACT  >  minE/2259689‑2259755

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑