Missing coverage evidence...
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CTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTG  >  minE/2703054‑2703119                                                                  | cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:522613/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1010635/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1953946/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1985956/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:2049902/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:2054540/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:2126575/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:24374/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:262830/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:473426/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:516595/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1928902/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:562105/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:610445/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:670203/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:715355/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:777837/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:847747/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:965524/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:974229/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:979106/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1897183/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:10881/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:112053/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1183237/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1214892/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1252352/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1376187/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1417084/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1498793/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1644468/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1670980/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1692172/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1739139/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1775597/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1832875/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1840841/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1865941/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1910676/66‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACATGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:812774/66‑1 (MQ=255) cTCGCTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1416531/66‑1 (MQ=255)      tAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1572801/61‑1 (MQ=255)                     cgcgTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:2079103/46‑1 (MQ=255)                             aCCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTg  <  1:1229237/38‑1 (MQ=255)                                                                  | CTCGGTAAAAACATGATTGGCGCGTTCTACCAACCTGCTTCAGTGGTGGTGGATCTCGACTGTCTG  >  minE/2703054‑2703119

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑