Missing coverage evidence...
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GCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAGG  >  minE/2745768‑2745834                                                                   | gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGTCAgg  <  1:275352/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:312394/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1797436/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1802754/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1822037/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1885159/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1967182/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1994910/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:2070701/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:311081/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1763149/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:370300/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:476599/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:555530/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:712874/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:770201/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:830345/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:988361/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:991600/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1397912/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1029701/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1088589/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1154971/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1158101/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1225864/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:131863/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1357993/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1025982/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1514395/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1558184/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1576499/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1640293/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1660014/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1688148/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:17110/67‑1 (MQ=255) gCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGACAgg  <  1:275270/67‑1 (MQ=255)  cGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1094942/66‑1 (MQ=255)  cGGGGCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:149564/66‑1 (MQ=255)              tCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAgg  <  1:1145893/54‑1 (MQ=255)                                                                   | GCGGGTCTGGGTATCGCAGTTGTTTCTACCTCTAAAGGTGTTATGACTGATCGTGCAGCGCGCCAGG  >  minE/2745768‑2745834

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑