Missing coverage evidence...
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CTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAT  >  minE/1044223‑1044289 |                                                                   cTTTAGTGATCAGCGGAGCGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1076253/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGGCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:21314/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGa   >  1:957813/1‑66 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGa   >  1:1022958/1‑66 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGa   >  1:252034/1‑66 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:829404/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:802442/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:730429/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:698921/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:684286/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:614624/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:592360/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:51599/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:418301/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:836761/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:239828/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:2137603/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:932708/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1955125/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1994782/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1857582/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1778084/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1760804/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1760201/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1705599/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1680452/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1674485/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1606131/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1573445/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:157195/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1570693/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1327789/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1274190/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1074197/1‑67 (MQ=255) cTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAt  >  1:1069692/1‑67 (MQ=255) |                                                                   CTTTAGTGATCAGCGGAACGGTCAGGCCAAACACCTGATTCTGATGCAGACGACGGGTCAGGTCGAT  >  minE/1044223‑1044289

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑