Missing coverage evidence...
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ATGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATA  >  minE/1271222‑1271288 |                                                                   aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGATATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:98717/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:2028954/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:947892/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:928399/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:908058/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:868103/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:810896/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:704339/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:687742/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:670767/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:630196/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:619529/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:584524/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:56926/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:554236/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:310942/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:1058398/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:2026684/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:189508/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:1883176/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:1818401/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:1746397/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:1718649/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:1705252/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:1667827/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:1566542/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:119407/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:1186282/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:1144418/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:1132291/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGGCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:1976724/67‑1 (MQ=255) aTGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGGCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATa  <  1:1159710/67‑1 (MQ=255) |                                                                   ATGGACACGCACCAGCACACCGTCGAAATGGTCCAGACGTTCCCAGCTAACATAGCGACTGTCCATA  >  minE/1271222‑1271288

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑